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云序客戶8.0分成果揭秘：還愁lncRNA功能機制如何研究嗎？看這里！
點擊次數(shù)：47 發(fā)布日期：2019-4-3
來源：本站 僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負
文章導(dǎo)讀
LncRNA是長度大于200nt的長鏈非編碼RNA，在調(diào)控不同的分子過程中發(fā)揮著重要作用。其主要功能不僅可以與功能蛋白結(jié)合，并在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達，而且lncRNA也可以作為誘餌，吸附miRNA，調(diào)節(jié)miRNA調(diào)控的靶基因表達。但是，目前關(guān)于lncRNA在胃癌中的表達譜和生物學(xué)功能的了解仍然有限；在本研究中，作者首先通過生物信息學(xué)分析胃癌lncRNA微陣列數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)LINC0034在胃癌中顯著高表達，且與胃癌具有臨床相關(guān)性，結(jié)果顯示顯示LINC00346在胃癌中反復(fù)擴增上調(diào)，其表達與病理分期差、腫瘤體積大、預(yù)后差呈正相關(guān)。然后探究了 LINC00346的體內(nèi)外功能，實驗顯示LINC00346能夠影響胃癌生長、遷移和侵襲等生物學(xué)功能。作者也探究了LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上下游分子機制，上游機制顯示致癌轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC可與LINC00346啟動子結(jié)合，并增強其表達；下游機制顯示LINC00346主要表達在胞質(zhì)中，可通過ceRNA機制作為miR-34a-5p的分子海綿體，并通過吸附miR-34a-5p后調(diào)節(jié)其下游靶基因CD44、AXL、NOTCH1的表達并調(diào)控胃癌細胞的生物學(xué)功能。
綜上所述，該研究結(jié)果證明了KLF5、MYC/LINC00346/miR-34a-5p在胃癌發(fā)生發(fā)展中起關(guān)鍵作用的模型，為胃癌治療提供了新方向和思路。 發(fā)表期刊：Cell Death Differentiation
影響因子：8.0
實驗方法：生信高級分析，轉(zhuǎn)錄組RNA測序，RIP，pulldown（云序生物提供）
測序樣本：過表達LINC00346的胃癌細胞（實驗組），轉(zhuǎn)染空載質(zhì)粒的胃癌細胞（對照組） 1. 生物信息學(xué)分析胃癌lncRNA微陣列數(shù)據(jù)庫，現(xiàn)LINC0034在胃癌中顯著高表達，且與胃癌具有臨床相關(guān)性 結(jié)果：LINC0034具有胃癌臨床相關(guān)性
a,b：LINC0034在胃癌中顯著高表達；c-d：LINC0034的表達與病理分期差、腫瘤體積大、預(yù)后差呈正相關(guān)。 2．探究LINC00346在胃癌中的體內(nèi)外功能 結(jié)果1：體外探究LINC00346對胃癌細胞增殖、遷移和侵襲功能影響
a-b．克隆形成實驗探究細胞增殖能力；c. 流式細胞術(shù)實驗探究細胞周期組織情況；d. EDU免疫熒光染色實驗探究細胞增殖能力；e. Transwell和invasion實驗探究細胞遷移和侵襲能力。 結(jié)果2：體內(nèi)探究LINC00346對胃癌在體內(nèi)的生長和轉(zhuǎn)移的影響
a-h：裸鼠成瘤實驗 3．探究LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上下游分子機制研究 （1）LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上游機制
結(jié)果：轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC可與LINC00346啟動子結(jié)合，并增強其表達
a. 轉(zhuǎn)錄因子MYC、KLF5和 LINC00346的Oncoprint分析；b. 在含有或未含有胃癌KLF5/ MYC / LINC00346 SCNAs的轉(zhuǎn)錄因子KLF5、MYC、LINC00346基因表達；c. GSE51705數(shù)據(jù)庫的分析顯示，KATO-III GC細胞中KLF5與LINC00346基因啟動子結(jié)合；d. UCSC基因組生物信息學(xué)網(wǎng)站顯示， MYC高度富集在LINC00346的啟動子上；e. GSE51575數(shù)據(jù)庫顯示LINC00346的表達與KLF5或MYC正相關(guān)；f. qPCR顯示LINC00346的表達與KLF5或MYC 正相關(guān)；g. ChIP實驗顯示，內(nèi)源性MYC和KLF5與LINC00346基因啟動子區(qū)結(jié)合。h. WB顯示干擾或過表達LINC00346后，KLF5和MYC蛋白表達情況；i. 雙熒光報告實驗檢測LINC00346啟動子片段與KLF5或MYC直接結(jié)合 （2）LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的下游機制
結(jié)果1：GSEA和GO分析LINC00346高/低表達胃癌患者和細胞
a. GSEA分析GSE65801數(shù)據(jù)中比較LINC00346高/低后差異基因的富集信號通路； b. 熱圖顯示胃癌中過表達LINC00346后的差異基因；c. GO分析差異基因的富集情況；d,e. qPCR和WB篩選腫瘤相關(guān)的差異基因。
結(jié)果2：LINC00346通過調(diào)節(jié)Notch1、CD44和AXL促進胃癌細胞增殖和侵襲
a.IHC分析腫瘤組織和腫瘤肺轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；b. qPCR檢測胃癌發(fā)生或未發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；c. IHC檢測胃癌發(fā)生或未發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；d. WB檢測胃癌細胞中Notch1, CD44, 和AXL的蛋白表達；e,f. Transwell實驗檢測Notch1, CD44 或 AXL對LINC00346侵襲功能的挽救能力；g. MTT和h.克隆形成實驗檢測Notch1, CD44 或 AXL對INC00346增殖功能的挽救能力。
結(jié)果3：LINC00346通過與miR-34a-5p相互作用調(diào)控Notch1、CD44和AXL
a. LINC00346和miRNA結(jié)合位點的預(yù)測；b. MS2-RIP實驗驗證LINC00346能夠拉下的miRNAs；c. pull-down實驗驗證LINC00346吸附的miRNAs；d. 雙熒光報告基因?qū)嶒瀖iR-34a與LINC00346直接結(jié)合；e. AGO2 RIP實驗驗證miR-34a能夠拉下LINC00346；f. WB顯示miR-34a能夠挽救LINC00346對Notch1, CD44 或 AXL的蛋白水平的調(diào)節(jié)；g. Tranwell實驗顯示miR-34a能夠挽救LINC00346對胃癌細胞遷移和侵襲能力的調(diào)節(jié)；h. 雙熒光報告基因?qū)嶒烇@示miRNA能與Notch1, CD44 或 AXL基因的3 UTR直接結(jié)合； i. 原位雜交實驗顯示LINC00346和miR-34a能夠共定位在細胞質(zhì)中。
總結(jié)
本研究通過生物信息學(xué)分析、功能實驗和分子機制探究實驗技術(shù)揭示了胃癌發(fā)展中一個潛在的新機制：在胃癌的發(fā)展過程中，轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC結(jié)合LINC00346啟動子區(qū)，并促進其表達；在胃癌中高表達的LINC00346主要定位在胞質(zhì)中，并競爭性吸附miR-34a-5p，抑制miR-34a-5p對其下游靶基因（Notch1, AXL, 和CD44）的調(diào)控，最終導(dǎo)致了胃癌的惡化發(fā)展。LINC00346對胃癌細胞的促增殖和轉(zhuǎn)移的多效性作用提示LINC00346可作為胃癌的有效治療靶點。 全文鏈接：
https://doi.org/10.1038/s41418-018-0236-y 云序相關(guān)產(chǎn)品推薦：
全轉(zhuǎn)錄組測序
環(huán)狀RNA測序
LncRNA測序
m6A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測序
m5C RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測序
m1A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測序
RNA pull down
RIP測序
云序客戶發(fā)表測序文章： 1、Whole-genome and Transcriptome Sequencing of Prostate Cancer Identify New Genetic Alterations Driving Disease Progression
2、SUMOylation of the m6A-RNA methyltransferase METTL3 modulates its function
3、CircHLA-C Plays an important Role in Lupus Nephritis by Sponging miR-150
4、Identification of Circular RNAs and Their Targets in Leaves of Triticum aestivum L. under Dehydration Stress
5、Circular RNA alterations are involved in resistance to avian leukosis virus subgroup-J-induced tumor formation in chickens
6、Identification of circular RNAs and their alterations involved in developing male Xenopus laevis chronically exposed to atrazine
7、Identification and characterization of circular RNAs in zebrafish
8、Differential expression of Circular RNAs in Glioblastoma Multiforme and Its Correlationwith Prognosis
9、Circular RNA Signature Predicts Gemcitabine Resistance of Pancreatic Ductal Adenocarcino
10、Circular RNA Vav3 sponges gga-miR-375 to promote epithelial-mesenchymal transition
11、RNA-Seq profiling of circular RNAs in human colorectal Cancer liver metastasis and the potential biomarkers
12、Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment
13、circular RNA expression alteration in exosomes from the brain extracellular space after traumatic brain injury in mice
上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址：上海市松江區(qū)莘磚公路518號20號樓3樓
電話：021-64878766
傳真：021-64878766
網(wǎng)址：www.cloud-seq.com.cn
郵箱：market@cloud-seq.com.cn
文章導(dǎo)讀
LncRNA是長度大于200nt的長鏈非編碼RNA，在調(diào)控不同的分子過程中發(fā)揮著重要作用。其主要功能不僅可以與功能蛋白結(jié)合，并在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達，而且lncRNA也可以作為誘餌，吸附miRNA，調(diào)節(jié)miRNA調(diào)控的靶基因表達。但是，目前關(guān)于lncRNA在胃癌中的表達譜和生物學(xué)功能的了解仍然有限；在本研究中，作者首先通過生物信息學(xué)分析胃癌lncRNA微陣列數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)LINC0034在胃癌中顯著高表達，且與胃癌具有臨床相關(guān)性，結(jié)果顯示顯示LINC00346在胃癌中反復(fù)擴增上調(diào)，其表達與病理分期差、腫瘤體積大、預(yù)后差呈正相關(guān)。然后探究了 LINC00346的體內(nèi)外功能，實驗顯示LINC00346能夠影響胃癌生長、遷移和侵襲等生物學(xué)功能。作者也探究了LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上下游分子機制，上游機制顯示致癌轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC可與LINC00346啟動子結(jié)合，并增強其表達；下游機制顯示LINC00346主要表達在胞質(zhì)中，可通過ceRNA機制作為miR-34a-5p的分子海綿體，并通過吸附miR-34a-5p后調(diào)節(jié)其下游靶基因CD44、AXL、NOTCH1的表達并調(diào)控胃癌細胞的生物學(xué)功能。
綜上所述，該研究結(jié)果證明了KLF5、MYC/LINC00346/miR-34a-5p在胃癌發(fā)生發(fā)展中起關(guān)鍵作用的模型，為胃癌治療提供了新方向和思路。 發(fā)表期刊：Cell Death Differentiation
影響因子：8.0
實驗方法：生信高級分析，轉(zhuǎn)錄組RNA測序，RIP，pulldown（云序生物提供）
測序樣本：過表達LINC00346的胃癌細胞（實驗組），轉(zhuǎn)染空載質(zhì)粒的胃癌細胞（對照組） 1. 生物信息學(xué)分析胃癌lncRNA微陣列數(shù)據(jù)庫，現(xiàn)LINC0034在胃癌中顯著高表達，且與胃癌具有臨床相關(guān)性 結(jié)果：LINC0034具有胃癌臨床相關(guān)性
a,b：LINC0034在胃癌中顯著高表達；c-d：LINC0034的表達與病理分期差、腫瘤體積大、預(yù)后差呈正相關(guān)。 2．探究LINC00346在胃癌中的體內(nèi)外功能 結(jié)果1：體外探究LINC00346對胃癌細胞增殖、遷移和侵襲功能影響
a-b．克隆形成實驗探究細胞增殖能力；c. 流式細胞術(shù)實驗探究細胞周期組織情況；d. EDU免疫熒光染色實驗探究細胞增殖能力；e. Transwell和invasion實驗探究細胞遷移和侵襲能力。 結(jié)果2：體內(nèi)探究LINC00346對胃癌在體內(nèi)的生長和轉(zhuǎn)移的影響
a-h：裸鼠成瘤實驗 3．探究LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上下游分子機制研究 （1）LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的上游機制
結(jié)果：轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC可與LINC00346啟動子結(jié)合，并增強其表達
a. 轉(zhuǎn)錄因子MYC、KLF5和 LINC00346的Oncoprint分析；b. 在含有或未含有胃癌KLF5/ MYC / LINC00346 SCNAs的轉(zhuǎn)錄因子KLF5、MYC、LINC00346基因表達；c. GSE51705數(shù)據(jù)庫的分析顯示，KATO-III GC細胞中KLF5與LINC00346基因啟動子結(jié)合；d. UCSC基因組生物信息學(xué)網(wǎng)站顯示， MYC高度富集在LINC00346的啟動子上；e. GSE51575數(shù)據(jù)庫顯示LINC00346的表達與KLF5或MYC正相關(guān)；f. qPCR顯示LINC00346的表達與KLF5或MYC 正相關(guān)；g. ChIP實驗顯示，內(nèi)源性MYC和KLF5與LINC00346基因啟動子區(qū)結(jié)合。h. WB顯示干擾或過表達LINC00346后，KLF5和MYC蛋白表達情況；i. 雙熒光報告實驗檢測LINC00346啟動子片段與KLF5或MYC直接結(jié)合 （2）LINC00346調(diào)控胃癌發(fā)展的下游機制
結(jié)果1：GSEA和GO分析LINC00346高/低表達胃癌患者和細胞
a. GSEA分析GSE65801數(shù)據(jù)中比較LINC00346高/低后差異基因的富集信號通路； b. 熱圖顯示胃癌中過表達LINC00346后的差異基因；c. GO分析差異基因的富集情況；d,e. qPCR和WB篩選腫瘤相關(guān)的差異基因。
結(jié)果2：LINC00346通過調(diào)節(jié)Notch1、CD44和AXL促進胃癌細胞增殖和侵襲
a.IHC分析腫瘤組織和腫瘤肺轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；b. qPCR檢測胃癌發(fā)生或未發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；c. IHC檢測胃癌發(fā)生或未發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移組織中Notch1, CD44, 和AXL的表達；d. WB檢測胃癌細胞中Notch1, CD44, 和AXL的蛋白表達；e,f. Transwell實驗檢測Notch1, CD44 或 AXL對LINC00346侵襲功能的挽救能力；g. MTT和h.克隆形成實驗檢測Notch1, CD44 或 AXL對INC00346增殖功能的挽救能力。
結(jié)果3：LINC00346通過與miR-34a-5p相互作用調(diào)控Notch1、CD44和AXL
a. LINC00346和miRNA結(jié)合位點的預(yù)測；b. MS2-RIP實驗驗證LINC00346能夠拉下的miRNAs；c. pull-down實驗驗證LINC00346吸附的miRNAs；d. 雙熒光報告基因?qū)嶒瀖iR-34a與LINC00346直接結(jié)合；e. AGO2 RIP實驗驗證miR-34a能夠拉下LINC00346；f. WB顯示miR-34a能夠挽救LINC00346對Notch1, CD44 或 AXL的蛋白水平的調(diào)節(jié)；g. Tranwell實驗顯示miR-34a能夠挽救LINC00346對胃癌細胞遷移和侵襲能力的調(diào)節(jié)；h. 雙熒光報告基因?qū)嶒烇@示miRNA能與Notch1, CD44 或 AXL基因的3 UTR直接結(jié)合； i. 原位雜交實驗顯示LINC00346和miR-34a能夠共定位在細胞質(zhì)中。
總結(jié)
本研究通過生物信息學(xué)分析、功能實驗和分子機制探究實驗技術(shù)揭示了胃癌發(fā)展中一個潛在的新機制：在胃癌的發(fā)展過程中，轉(zhuǎn)錄因子KLF5和MYC結(jié)合LINC00346啟動子區(qū)，并促進其表達；在胃癌中高表達的LINC00346主要定位在胞質(zhì)中，并競爭性吸附miR-34a-5p，抑制miR-34a-5p對其下游靶基因（Notch1, AXL, 和CD44）的調(diào)控，最終導(dǎo)致了胃癌的惡化發(fā)展。LINC00346對胃癌細胞的促增殖和轉(zhuǎn)移的多效性作用提示LINC00346可作為胃癌的有效治療靶點。 全文鏈接：
https://doi.org/10.1038/s41418-018-0236-y 云序相關(guān)產(chǎn)品推薦：
全轉(zhuǎn)錄組測序
環(huán)狀RNA測序
LncRNA測序
m6A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測序
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m1A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測序
RNA pull down
RIP測序
云序客戶發(fā)表測序文章： 1、Whole-genome and Transcriptome Sequencing of Prostate Cancer Identify New Genetic Alterations Driving Disease Progression
2、SUMOylation of the m6A-RNA methyltransferase METTL3 modulates its function
3、CircHLA-C Plays an important Role in Lupus Nephritis by Sponging miR-150
4、Identification of Circular RNAs and Their Targets in Leaves of Triticum aestivum L. under Dehydration Stress
5、Circular RNA alterations are involved in resistance to avian leukosis virus subgroup-J-induced tumor formation in chickens
6、Identification of circular RNAs and their alterations involved in developing male Xenopus laevis chronically exposed to atrazine
7、Identification and characterization of circular RNAs in zebrafish
8、Differential expression of Circular RNAs in Glioblastoma Multiforme and Its Correlationwith Prognosis
9、Circular RNA Signature Predicts Gemcitabine Resistance of Pancreatic Ductal Adenocarcino
10、Circular RNA Vav3 sponges gga-miR-375 to promote epithelial-mesenchymal transition
11、RNA-Seq profiling of circular RNAs in human colorectal Cancer liver metastasis and the potential biomarkers
12、Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment
13、circular RNA expression alteration in exosomes from the brain extracellular space after traumatic brain injury in mice
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