? ? 腫瘤突變負(fù)荷（Tumor Mutation Burden/Load, TMB/TML）是近年來腫瘤免疫治療領(lǐng)域的熱點(diǎn)研究方向，隨著相關(guān)臨床數(shù)據(jù)的發(fā)表，TMB/TML迅速成為免疫治療（如免疫檢查點(diǎn)抑制劑）中患者風(fēng)險(xiǎn)分層和療效評(píng)估的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子。

? ? MolecularMD公司于2005年創(chuàng)立，致力于將診斷與治療相結(jié)合，為客戶轉(zhuǎn)化研究和臨床試驗(yàn)提供檢測(cè)服務(wù)，并與諸多生物制藥公司合作臨床試驗(yàn)以及開發(fā)伴隨診斷試劑。

? ? MolecularMD副總裁 Cindy Spittle 博士說：

? ? 目前臨床研究中，腫瘤突變負(fù)荷（TMB）的檢測(cè)方法包括全外顯子組測(cè)序和靶向測(cè)序 panel（多由實(shí)驗(yàn)室自主開發(fā)），但為了明確TMB 作為生物標(biāo)志物的預(yù)測(cè)價(jià)值，需對(duì)panel設(shè)計(jì)、檢測(cè)流程和數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)化處理，完善TMB的評(píng)估準(zhǔn)則。
由賽默飛開發(fā)的Oncomine腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)通過三天工作流程，使用低至 20 ng福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）腫瘤DNA，檢測(cè) 409 個(gè)癌癥相關(guān)基因，涉及約 1.7 Mb堿基基因組。

? ? 該分析方法與外顯子組測(cè)序結(jié)果保持高度一致性，因此避免了全外測(cè)序復(fù)雜的數(shù)據(jù)分析，一次測(cè)序能夠完成更多樣本的評(píng)估。同時(shí)，通過Ion Reporter 數(shù)據(jù)分析軟件，簡(jiǎn)化了整體工作流程，完成腫瘤 DNA 樣品的TMB 計(jì)算，無需與正常樣品比對(duì)。

? ? MolecularMD在選擇適用于臨床研究和潛在診斷應(yīng)用開發(fā)的分析工具時(shí)，需要考慮的關(guān)鍵因素是所需檢測(cè)樣品的數(shù)量和質(zhì)量。為此，MolecularMD利用RecoverAll?全核酸分離試劑盒進(jìn)行 DNA/RNA 雙重提取，最大限度地從最少量的組織中獲取最多的數(shù)據(jù)。

? ? Spittle 博士補(bǔ)充說：

? ? 這種靶向測(cè)序panel減少了上樣量，與其他方法相比，TMB 檢測(cè)所需的腫瘤組織量也最少。除了驗(yàn)證Oncomine TML Assay性能和工作流程以外，還需要開發(fā)腫瘤特異性 TMB 的范圍和cut-off值，以推動(dòng)免疫腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的研究。

? ? MolecularMD表示，基于現(xiàn)有的免疫治療藥物開發(fā)的臨床試驗(yàn)研究項(xiàng)目，已對(duì)Oncomine腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)試劑盒進(jìn)行了驗(yàn)證。作為轉(zhuǎn)化研究和臨床試驗(yàn)服務(wù)商，MolecularMD將為客戶提供腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)服務(wù)。同時(shí)，其他進(jìn)行中的研究，用于探索 TMB在預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效方面的臨床效用。

? ? 賽默飛臨床新一代測(cè)序和腫瘤學(xué)總裁Joydeep Goswami說：

? ? 我們很高興MolecularMD選擇了Oncomine腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)用于腫瘤免疫學(xué)相關(guān)的臨床研究和臨床試驗(yàn)，這是TMB靶向NGS檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)化進(jìn)程中重要的一步，進(jìn)一步推動(dòng)了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的發(fā)展。

Ion Torrent Oncomine腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)試劑盒
挖掘腫瘤免疫治療相關(guān)生物標(biāo)記物的NGS靶向檢測(cè)Assay

? ? 全新的Ion Torrent? Oncomine? Tumor Mutation LoadAssay是一款強(qiáng)大的靶向NGS檢測(cè)試劑盒，可為臨床研究人員提供準(zhǔn)確的體細(xì)胞突變定量分析，對(duì)少量福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)樣品的腫瘤突變負(fù)荷進(jìn)行評(píng)估。

主要優(yōu)勢(shì)

? ? 總計(jì)覆蓋1.7Mb區(qū)域的NGS靶向測(cè)序，可在任何實(shí)驗(yàn)室內(nèi)快速產(chǎn)生一致性結(jié)果

? ? 樣品起始量低至20 ng DNA，使有效使用珍貴的FFPE樣品

? ? 依托Ion Reporter?軟件，提供從樣品到結(jié)果的整體解決方案，可在3天內(nèi)完成腫瘤突變負(fù)荷評(píng)估

可靠的定量分析解決方案

? ? Oncomine Tumor Mutation Load Assay涵蓋了1.7 Mb的龐大基因組數(shù)據(jù)，無需全外顯子組測(cè)序(WES)，便可精確檢測(cè)體細(xì)胞突變。Rizvi等在一項(xiàng)已發(fā)表的研究中指出，通過全外顯子測(cè)序，發(fā)現(xiàn)腫瘤患者對(duì)檢查點(diǎn)抑制劑的應(yīng)答與突變負(fù)荷具有顯著相關(guān)性。

? ? 通過計(jì)算機(jī)模擬分析該研究后發(fā)現(xiàn)，Oncomine腫瘤突變負(fù)荷試劑盒覆蓋的基因組區(qū)域足以支持對(duì)與應(yīng)答有關(guān)的遺傳相關(guān)性進(jìn)行臨床研究(圖2)。

圖2. 利用WES數(shù)據(jù)，對(duì)Oncomine腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)覆蓋的體細(xì)胞突變進(jìn)行分析。DCB：持久療效；NDB：無持久療效。數(shù)據(jù)來源：Rizvi et al.(2015) 348:124-128。

? ? 我們使用此款試劑盒，對(duì)通過微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)狀態(tài)篩選出來的結(jié)直腸癌患者樣本進(jìn)行二次分析。數(shù)據(jù)顯示，無需借助與腫瘤組織匹配的癌旁組織，此款試劑盒即可將高腫瘤突變負(fù)荷樣品和低腫瘤突變負(fù)荷樣品有效分離(圖3)。

圖3. 對(duì)根據(jù)微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)分離的結(jié)直腸癌研究樣品進(jìn)行突變負(fù)荷評(píng)估。數(shù)據(jù)由IPATIMUP提供

? ? 使用Ion GeneStudio?S5系統(tǒng)以及手動(dòng)或自動(dòng)文庫(kù)制備，您就可以用一張Ion 540?芯片對(duì)最多8個(gè)樣品進(jìn)行測(cè)序。搭配使用我們簡(jiǎn)單的分析解決方案，2-3天即可完成腫瘤突變負(fù)荷評(píng)估。