技術(shù)文章 目標(biāo)區(qū)域高通量測(cè)序服務(wù) 閱讀：217 發(fā)布時(shí)間：2019/2/19

目標(biāo)區(qū)域高通量測(cè)序介紹

目標(biāo)區(qū)域高通量測(cè)序是一種高度特異和靶向的方法，是指采用各種技術(shù)手段將待檢測(cè)的目標(biāo)區(qū)域富集之后，進(jìn)行高通量測(cè)序的研究策略。目標(biāo)區(qū)域的高深度測(cè)序可以有效識(shí)別基因的變異并對(duì)其進(jìn)行特征譜分析，通常用于分析特定基因組區(qū)域中的DNA變異，尤其是腫瘤的基因組研究。

目標(biāo)區(qū)域高通量測(cè)序的策略與區(qū)別

 

液相雜交捕獲

擴(kuò)增子測(cè)序

富集策略

探針雜交

多重PCR

適用范圍

100k 目標(biāo)區(qū)域 100M

目標(biāo)區(qū)域 100k

檢測(cè)變異類型

SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴(kuò)增等。

SNP、小片段Indels、基因擴(kuò)增等

核酸起始量

100-200ng

50-100ng

優(yōu)勢(shì)

發(fā)現(xiàn)新的SNP、融合基因、大片段Indels等

常用于發(fā)現(xiàn)低頻突變(低于0.1%)，可用于ctDNA的研究

制約因素

探針捕獲效率

panel擴(kuò)增均一性

擴(kuò)增子測(cè)序
原理：通過(guò)設(shè)計(jì)目標(biāo)基因組區(qū)域的引物，經(jīng)多重PCR反應(yīng)擴(kuò)增將目標(biāo)區(qū)域DNA富集純化后，進(jìn)行高通量測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。通常用于擴(kuò)增區(qū)域較?。?100k）的情況。

技術(shù)流程

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

目標(biāo)區(qū)域小，測(cè)序成本較低，測(cè)序深度通?？筛哌_(dá)10000X（常規(guī)全外顯子組測(cè)序?yàn)?00X），因此可以發(fā)現(xiàn)低頻的突變。

可選panel：包括現(xiàn)成產(chǎn)品（適合不同腫瘤的基因組合）和個(gè)性化定制兩種

Panel類型

50 gene

BRCA1/2

定制

適用腫瘤

所有腫瘤

乳腺癌

覆蓋基因組

 

覆蓋區(qū)域

熱點(diǎn)突變區(qū)

全外顯子區(qū)

擴(kuò)增子數(shù)目

207

148

Panel大小

40K

17K

 

panel名稱

適合腫瘤

適用樣本

應(yīng)用

50 gene panel

(可定制)

所有腫瘤

FFPE

從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應(yīng)用于腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測(cè)、個(gè)體化治療的療效評(píng)估等。

血漿（ctDNA）

從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應(yīng)用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測(cè)、個(gè)體化治療的療效評(píng)估等。

BRCA1/2 panel

乳腺癌

全血

檢測(cè)乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點(diǎn)突變。

 

樣品要求
1、樣品純度要求：OD值應(yīng)在1.8至2.0之間；電泳檢測(cè)無(wú)明顯非特異性雜帶，PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整。
2、樣品濃度：純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于5 ng/ul。
3、樣品總量：樣品總量不低于200ng。
4、樣品信息：請(qǐng)?zhí)峁〥NA樣品具體濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來(lái)源。請(qǐng)同時(shí)附上QC數(shù)據(jù)，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。
服務(wù)流程
1、提交項(xiàng)目課題相關(guān)需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)討論項(xiàng)目細(xì)節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見(jiàn)對(duì)實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行修改。
4、雙方均滿意并達(dá)成一致，簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
5、開(kāi)展實(shí)驗(yàn)，按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題，提供實(shí)驗(yàn)原始結(jié)果和分析結(jié)果、實(shí)驗(yàn)流程、實(shí)驗(yàn)條件等等。
我們的優(yōu)勢(shì)
1、游離DNA純化技術(shù)能有效去除基因組DNA污染，使定量更準(zhǔn)確。
2、擴(kuò)增子生成技術(shù)提高了擴(kuò)增子生成的均一性，降低測(cè)序成本。
3、低頻突變生物分析技術(shù)能有效在背景中檢出相關(guān)低頻突變。
4、為了克服PCR擴(kuò)增中引入的人源誤差，在進(jìn)行任何擴(kuò)增之前加入U(xiǎn)MIs（unique molecular indices），從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴(kuò)增帶來(lái)的假陽(yáng)性問(wèn)題，以及文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中引入的偏差。
咨詢與訂購(gòu) 
感謝您選擇我們的服務(wù)，如果您有任何問(wèn)題，請(qǐng)聯(lián)系我們，我們將竭誠(chéng)為您解答和服務(wù)。 
 

 

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