近日，中國科學(xué)院深圳先進技術(shù)研究院博士周文華等在CRISPR等溫擴增基因檢測技術(shù)領(lǐng)域取得新進展。相關(guān)工作“A CRISPR-Cas9-triggered strand displacement amplification method for ultrasensitive DNA detection”(《一種應(yīng)用于核酸超敏檢測的CRISPR-Cas9鏈取代擴增技術(shù)》)發(fā)表于國際刊物《自然-通訊》(Nat. Commun. 2018, 9, 5012)。論文共同第一作者是周文華和研究助理胡麗，通訊作者是研究員喻學(xué)鋒。

　　核酸分子檢測已被廣泛應(yīng)用于精準醫(yī)療、食品安全檢疫、公共安全監(jiān)控等多個領(lǐng)域。盡管基于PCR(聚合酶鏈式反應(yīng))的核酸檢測技術(shù)被廣泛用于專業(yè)檢測機構(gòu)，但由于該技術(shù)操作復(fù)雜、儀器昂貴、以及涉及多重變溫過程，并不適用于基層檢測和家庭檢測。為了克服PCR技術(shù)的缺點，一類不依賴變溫的檢測技術(shù)，即等溫擴增檢測技術(shù)得到廣泛關(guān)注。然而，當(dāng)前等溫擴增技術(shù)在靈敏度、特異性和抗干擾度方面仍各自有著其內(nèi)在缺陷，且成熟的等溫擴增技術(shù)核心專利大多掌握在國外公司手中。因此，迫切需要開發(fā)出一種性能更優(yōu)異，且具有完全自主知識產(chǎn)權(quán)的新的核酸等溫擴增檢測技術(shù)，以滿足我國在核酸檢測領(lǐng)域日益增長的需求。

CRISPR/Cas9作為一種源自原核生物獲得性免疫系統(tǒng)的基因定點編輯技術(shù)，自發(fā)現(xiàn)以來已吸引了大量科研關(guān)注和投資興趣。然而，由于人體的復(fù)雜性和倫理方面的爭議，基于CRISPR技術(shù)的臨床基因治療仍面臨著諸多困難和挑戰(zhàn)。另一方面，由于該技術(shù)操作簡便、靈敏度高、抗干擾性強等優(yōu)勢，目前已開始在體外核酸分子的檢測領(lǐng)域得到應(yīng)用。但目前以CRISPR技術(shù)為基礎(chǔ)的核酸檢測手段仍依賴傳統(tǒng)的PCR技術(shù)或等溫擴增技術(shù)對靶分子進行擴增，其創(chuàng)新性和適用范圍仍有待提高。

　　針對這些現(xiàn)狀，喻學(xué)鋒課題組創(chuàng)新性地提出利用CRISPR系統(tǒng)效應(yīng)蛋白Cas9在與靶核酸分子結(jié)合過程中獨特的構(gòu)象變化，作為鏈取代等溫擴增反應(yīng)的開關(guān)，高效啟動針對靶核酸分子的指數(shù)倍擴增(簡稱CRISDA技術(shù))。相比于傳統(tǒng)PCR和其他等溫擴增技術(shù)，CRISDA技術(shù)有著諸多獨特優(yōu)勢。第一，該技術(shù)靈敏度高。基于CRISPR技術(shù)良好的抗干擾性，該技術(shù)可在復(fù)雜背景條件下，對aM(10-18M)濃度的靶核酸分子進行高效擴增檢測。第二，CRISDA技術(shù)特異性強。通過在機理上的特殊優(yōu)化，該技術(shù)很好地規(guī)避了在傳統(tǒng)CRISPR基因編輯技術(shù)中普遍存在的脫靶效應(yīng)，可實現(xiàn)對極低濃度的靶核酸分子進行單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測。第三，CRISDA技術(shù)普適性極強。在針對不同靶位點的檢測反應(yīng)中，所需的擴增引物設(shè)計簡單、無需優(yōu)化，可迅速實現(xiàn)對新位點的檢測反應(yīng)體系開發(fā)。除此之外，該技術(shù)檢測過程完全等溫，并且在從室溫到42oC的范圍內(nèi)均保持良好的擴增檢測效果，可充分滿足在實際檢測中對新靶點的檢測需求。目前，課題組已利用該技術(shù)成功檢測出人基因組中乳腺癌相關(guān)的單核苷酸位點突變，并在野生型大豆中成功檢測出萬分之三的轉(zhuǎn)基因大豆。

　　同時，由于CRISDA技術(shù)所具有的獨特優(yōu)勢和超越傳統(tǒng)PCR技術(shù)的應(yīng)用前景，以該技術(shù)為背景的“基于CRISPR-Cas系統(tǒng)的核酸高敏快速等溫檢測技術(shù)”項目在中科院首屆“率先杯”未來技術(shù)創(chuàng)新大賽中，從數(shù)百個項目中脫穎而出，獲得最終優(yōu)勝獎，并已吸引了多家投資機構(gòu)前來洽談產(chǎn)業(yè)化事宜。目前，課題組正將該技術(shù)應(yīng)用于突發(fā)或新型傳染病的檢測，如新型流感、非洲豬瘟等，并正積極開發(fā)相關(guān)檢測試劑盒。

　　該研究工作得到國家自然科學(xué)基金、深圳市科技計劃國際合作研究、中科院前沿科學(xué)研究重點計劃、深圳科技研究計劃、英國利華休姆信托基金和香港研究資助局面上項目等的資助。

　　論文鏈接

圖1: 傳統(tǒng)PCR技術(shù)與CRISDA檢測技術(shù)對比。

圖2: 利用CRISDA技術(shù)對aM量級的靶分子進行特異性擴增檢測。(a)擴增體系設(shè)計;和(b)利用CRISDA技術(shù)對合成的DNA片段進行特異性擴增檢測。(c)利用CRISDA技術(shù)對來自人基因組的DNA片段進行特異性擴增檢測。(d)利用CRISDA技術(shù)對人基因組的特定區(qū)域進行特異性擴增檢測。

　　圖3: 利用CRISDA技術(shù)對aM量級的靶分子進行SNP擴增檢測。(a)不同細胞株基因組中rs3803662位點的測序驗證;(b)利用CRISDA技術(shù)對該SNP位點進行高靈敏度擴增檢測。