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兩天完成泛癌基因組體細(xì)胞突變靶向重測(cè)序擴(kuò)增子建庫(kù)

英文名稱：TruSeq Amplicon - Cancer Panel，縮寫TSACP

中文名稱：TruSeq 擴(kuò)增子法癌癥Panel

用途：癌癥基因組體細(xì)胞突變擴(kuò)增子建庫(kù)試劑盒，適用于FFPE樣本。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel 提供預(yù)先設(shè)計(jì)的、優(yōu)化的寡核苷酸探針，富集212個(gè)擴(kuò)增子來(lái)檢測(cè)48個(gè)癌癥相關(guān)基因中的突變區(qū)域。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel能夠?qū)Π˙RAF，KRAS和EGFR在內(nèi)的重要癌癥相關(guān)基因進(jìn)行高度敏感的突變分析。這些基因突變與許多癌癥有關(guān)，包括黑色素瘤，結(jié)直腸癌，卵巢癌和肺癌。這種檢測(cè)方法從珍貴的FFPE樣品篩選這些重要變異的獨(dú)特能力將從多種腫瘤中解開(kāi)大量基因組信息。

The TruSeq Amplicon - Cancer Panel enables highly sensitive mutation detection studies of important cancer-related genes, including BRAF, KRAS, and EGFR. Mutations in these genes are linked to many cancers, including melanoma, colorectal, ovarian, and lung cancer.

提供預(yù)先設(shè)計(jì)的，優(yōu)化的寡核苷酸探針，用于測(cè)序 35千堿基（kb）的靶基因組序列中的突變熱點(diǎn)。

在高度多重的單管反應(yīng)中，用212個(gè)擴(kuò)增子靶向48個(gè)基因。

對(duì)來(lái)自選定基因（如BRAF，KRAS和EGFR）的數(shù)百個(gè)癌癥熱點(diǎn)進(jìn)行測(cè)序。

兩天內(nèi)完成基因組DNA的全面分析數(shù)據(jù)。

zui準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)能夠可靠地檢測(cè)低于5％的突變頻率。

使用簡(jiǎn)單的儀器上自動(dòng)分析軟件對(duì)所有樣品進(jìn)行變異調(diào)用和分析。

TSACP應(yīng)用

泛癌分析：快速高效地發(fā)現(xiàn)、驗(yàn)證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。

TSACP參數(shù)

分析時(shí)間 8 hours

手動(dòng)操作 3.5 hours

加樣量 150 ng high-quality genomic DNA, 250 ng FFPE genomic DNA

測(cè)序儀 MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx in Research Mode

核酸 DNA

特別樣本 FFPE Tissue 福爾馬林固定包埋組織

突變類型Insertions-Deletions (indels), Somatic Variants

種屬 人

癌癥類型 Pan-Cancer 泛癌

方法 擴(kuò)增子測(cè)序 靶向基因測(cè)序Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing

TSACP適用樣本

高質(zhì)量基因組DNA：250ng（推薦），150ng（zui低）

FFPE基因組DNA：250ng （zui低）

TSACP將一些操作流程簡(jiǎn)化，包括FFPE樣品的DNA質(zhì)量控制分析，簡(jiǎn)單磁珠樣品標(biāo)準(zhǔn)化，自動(dòng)化簇生成和雙端測(cè)序以及儀器上的數(shù)據(jù)分析。利用MiSeq系統(tǒng)的長(zhǎng)雙端讀取能力，速度和高數(shù)據(jù)質(zhì)量，現(xiàn)在可以在幾天內(nèi)完成整個(gè)項(xiàng)目，而不是幾個(gè)月。

樣本質(zhì)控 樣本目標(biāo)基因的擴(kuò)增子獲得 擴(kuò)增子測(cè)序和分析

擴(kuò)增子獲得流程：

一對(duì)寡核苷酸用來(lái)獲得一個(gè)擴(kuò)增子。將這些寡核苷酸雜交至未片段化的基因組DNA（96孔板），隨后進(jìn)行延伸和連接以形成DNA模板（帶引物序列的目標(biāo)區(qū)域）。使用隨試劑盒提供的索引接頭，文庫(kù)被索引，PCR擴(kuò)增，然后在測(cè)序之前pool到單個(gè)試管中。

A癌癥panel寡核苷酸探針的雜交

B延伸和連接

C通過(guò)PCR添加索引（indexes）和測(cè)序接頭

D收獲準(zhǔn)備測(cè)序的擴(kuò)增子

TSACP性能規(guī)格

Panel 大小35 kb；內(nèi)容 212 amplicons；擴(kuò)增子大小 170 190 bp；DNA Input 250 ng

Assay Time 7 hrs, 2.5 hrs hands-on；Enrichment Specificity 85%；Coverage Uniformity 85% at 0.2 mean

Dropouts* 0 （Dropouts are defined as amplicons having no sequencing coverage when the sample achieves a mean sequencing depth of 1000 .）

TSACP目標(biāo)基因列表

ABL1

EGFR

GNAS

MLH1

RET

AKT1

ERBB2

HNF1A

MPL

SMAD4

ALK

ERBB4

HRAS

NOTCH1

SMARCB1

APC

FBXW7

IDH1

NPM1

SMO

ATM

FGFR1

JAK2

NRAS

SRC

BRAF

FGFR2

JAK3

PDGFRA

STK11

CDH1

FGFR3

KDR

PIK3CA

TP53

CDKN2A

FLT3

KIT

PTEN

VHL

CSF1R

GNA11

KRAS

PTPN11

CTNNB1

GNAQ

MET

RB1

名詞解釋：Pan-Cancer（泛癌）

基因組圖譜泛癌計(jì)劃：由于起源部位、細(xì)胞類型、基因突變形式的不同,腫瘤可表現(xiàn)出不同的形態(tài)。這些因素同時(shí)影響腫瘤的治療效果。雖然已經(jīng)證實(shí)許多基因的改變直接導(dǎo)致了表型的改變,然而,許多腫瘤譜系中復(fù)雜分子機(jī)制依然未完全闡明。因此,腫瘤基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）研究網(wǎng)絡(luò)分析了大量人類腫瘤,以期發(fā)現(xiàn)DNA、RNA、蛋白質(zhì)和表觀遺傳學(xué)水平的分子改變。含豐富數(shù)據(jù)的結(jié)果給我們提供了一個(gè)機(jī)會(huì),對(duì)整個(gè)腫瘤譜系的共性、個(gè)性及新觀點(diǎn)形成一個(gè)整體描繪。基因組圖譜泛癌計(jì)劃zui先比較了12種腫瘤類型。對(duì)不同腫瘤分子改變及其功能的分析,未來(lái)會(huì)告訴我們?nèi)绾螌⒂行У闹委煼椒☉?yīng)用于類似基因表型的腫瘤。

TruSeq Amplicon - Cancer Panel Kit 組件 (FC-130-1008)：

四個(gè)試劑盒包括兩個(gè)Pre-Amplification、一個(gè)Post-Amplification和一個(gè)TruSeq Amplicon - Cancer Panel Oligo Kit, Pre-Amplification試劑盒。

品牌

貨號(hào)

產(chǎn)品描述

規(guī)格

Illumina

FC-130-1008

TruSeq Amplicon - Cancer Panel

96 樣本

TSACP搭配試劑：

Illumina FFPE QC Kit WG-321-1001

TruSeq Custom Amplicon Index Kit (96 indices, 384 Samples) FC-130-1003

MiSeq Reagent Kit (300-cycles - PE) MS-102-2002

可選: TruSeq Index Plate Fixture and Collar Kit (2 Each) FC-130-1007

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