色譜柱是一種消耗品，因此使用壽命有限。對于大多數(shù)應用，色譜柱應持續(xù)進行500-2000次注射（進樣），但這會因樣品的清潔度、流動相的pH值和保護柱卡套的使用（是否使用保護柱）而不同。
這里列出的做法有助于最大限度地提高硅基（硅膠基質(zhì)）色譜柱的使用壽命。
一、色譜柱的平衡：當從一個流動相更換為另一個流動相時，或者在回收梯度（梯度循環(huán)）時，應需要10-20個柱體積。
下表顯示了各種色譜柱尺寸（規(guī)格）的色譜柱體積。
如果溶劑的變化不太劇烈（例如80％至20％的ACN/水與ACN至THF（與之相對的由ACN至THF）），則需要的體積較少。
檢查平衡最簡單方法是進行兩次樣品注射。
如果保留相同，則色譜柱充分平衡；如果保留變化，應增加平衡體積并重新試驗。平衡與溶劑的體積有關，與時間無關。
所以較高的流量（流速）可以減少平衡時間。
  近似的色譜柱容量（mL）
二、色譜柱沖洗是一個簡單的過程，可以通過清洗色譜柱中的頑固（保留較強的）物質(zhì)來延長色譜柱的壽命。
每天結(jié)束色譜柱的使用時，應除去一切緩沖液（應除去色譜柱中的緩沖鹽），然后用100％強溶劑（通常為ACN或MeOH，采用反相方法）沖洗色譜柱。
下一頁列出的詳細沖洗程序可以有效恢復色譜柱的性能，但應牢記：色譜柱是一種消耗品，因此請勿期望它能夠永遠的持續(xù)使用！
避免用100％的水沖洗反相色譜柱（嵌入極性基團或 AQ 色譜柱除外），因為相（固定相）去濕會影響清洗效果，而且流動相色譜柱的重新平衡會非常緩慢。
對于您的色譜柱，請按照以下所述的一般步驟，使用特定溶劑進行色譜柱沖洗。
應在沖洗之前查看制造商的建議（生產(chǎn)商說明書），以免損壞色譜柱。
1. 拆掉并翻轉(zhuǎn)色譜柱（拆下色譜并反接）
2. 將色譜柱連接到泵上，而非檢測器（不接檢測器）
3. 用10-20個柱體積的溶劑進行沖洗，且流速不得高于QC色譜圖的流速
4. 如果改變以下步驟，應確保在每個連續(xù)步驟中使用可混溶溶劑（溶劑可互溶）
反相色譜柱（C18，C8，C4，苯基，CN， AQ 型）
a. 流動相無緩沖液
b. MeOH或ACN
如果金屬離子被認為是污染的致因，應使用0.05M EDTA水溶液沖洗，然后用水沖洗，并按上述順序沖洗。使用離子對試劑的色譜柱應專門用于離子對的應用之中。
未鍵合的硅膠柱（SIL）
a. IPA
b. MeOH
c. 乙酸乙酯
鍵合正相柱（CN、NH 2、二醇）
a. 三氯甲烷
b. IPA
c. 二氯甲烷
d. 己烷
陰離子交換柱（SAX，WAX）
a. 水
b. 甲醇
c. 三氯甲烷
d. 甲醇
e. 水
陽離子交換柱（SCX，WCX）
a. 水（沖洗時注入4x200L的DMSO）
b. THF
蛋白質(zhì)的體積排阻柱
對于弱保留的蛋白質(zhì)
a. 0.1M磷酸鹽緩沖液，pH為3
對于強保留的蛋白質(zhì)
a. 100％水至100％ACN的梯度，運行60分鐘
三、色譜柱的合理存放有助于延長柱的使用壽命。
最簡單的存放步驟為：從柱中除去一切緩沖液，然后用10-20個柱體積的強流動相溶劑（例如用于反相的MeOH或ACN）清洗柱，以除去柱中的頑固（強保留）物質(zhì)。
然后用制造商指定的存儲流動相，以10-20個柱體積的容量沖洗色譜柱（該信息應隨色譜柱提供，并在QC檢測色譜圖中進行詳細的說明）。
最后，安全地蓋上柱帽（擰緊堵頭），以防流動相蒸發(fā)。
除了色譜柱制造商明確建議的特定情況（例如一些離子交換柱）外，請勿使用緩沖液或者少于約25％的有機溶劑來用于儲色譜柱存儲，因為它們會導致微生物的滋生。（保存色譜柱，以防微生物的滋生）
每個新項目應使用一種全新的B型高純度硅膠柱，并與最高質(zhì)量的HPLC級試劑結(jié)合使用。
定期沖洗HPLC系統(tǒng)，去除鹽和緩沖液，并定期保養(yǎng)系統(tǒng)，從而最大限度地減少止回閥（單向閥）和泵密封（密封圈）問題。

樣本清理過程越徹底，樣本就越干凈；同時，與樣本相關的問題發(fā)生概率就越小。

完成一系列（系統(tǒng)多次）運行（或在某些情況下，每次運行后）后，應使用強溶劑沖洗，這樣有助于除去柱中的頑固殘留（吸附較強的）物質(zhì)，并將未來運行中的干擾降至最低（盡量減少對以后的測試的干擾），延長色譜柱的使用壽命。
色譜柱不能永久使用，但良好維護可減少不必要的更換支出