上海吉真生物科技有限公司是一家致力于分子生物學檢測方法與技術(shù)的推廣普及,集基因分型、基因表達量檢測、表觀遺傳學分析、精準醫(yī)療為一體的高科技企業(yè)。
公司立足于現(xiàn)代人類基因組學、營養(yǎng)基因組學、藥物基因組學、腫瘤基因組學研究的Z前沿,歷經(jīng)多年的市場調(diào)查、技術(shù)準備和產(chǎn)品研發(fā)。公司技術(shù)力量雄厚,具有科學研發(fā)、產(chǎn)品設(shè)計、生產(chǎn)銷售、基因檢測、健康管理、精準醫(yī)療、技術(shù)服務(wù)為一體的運營體系。公司擁有多項核心技術(shù)成果,產(chǎn)品市場需求旺盛,是一家高速成長型企業(yè)。
公司的工作宗旨是將具有實際用途的科學研究成果高效地轉(zhuǎn)化為能夠為廣大人群服務(wù)的產(chǎn)品,推向市場,推進高科技成果的產(chǎn)業(yè)化,縮短科學研究回報社會的時間與距離,讓每位消費者感受到高科技為個人健康帶來的成效,積極為促進國民健康做貢獻!
介紹
DNA甲基化是zui早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,真核生物中的甲基化僅發(fā)生于胞嘧啶,即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5 -端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)? -甲基胞嘧啶。大量研究表明,DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變,從而控制基因表達。DNA甲基化通常抑制基因表達,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。這種DNA修飾方在不改變基因序列前提下實現(xiàn)對基因表達的調(diào)控。CpG位點在基因組是不常見的,主要密集于接近基因啟動子的位置,統(tǒng)稱為CpG島CpG島大約含有500多個堿基,位于基因的啟動子區(qū)或*個外顯子區(qū)。脊椎動物DNA的甲基化狀態(tài)與生長發(fā)育調(diào)控密切相關(guān),比如在腫瘤發(fā)生時,抑癌基因CpG島以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態(tài),導致抑癌基因表達的下降。
甲基化特異性PCR(MSP)
Herman 等( 1996 )在使用重亞硫酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏感性高,主要用于作定性研究。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變;隨后設(shè)計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產(chǎn)物,如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段,則說明該位點存在甲基化;反之,說明被檢測的位點不存在甲基化。
特點:適用范圍廣,能夠檢測特異位點是否發(fā)生甲基化。
流程
﹡ 樣品用Qiagen試劑盒進行基因組 DNA 提取與重亞硫酸鹽處理(包括純化和脫磺基反應(yīng))。
﹡ 用甲基化引物設(shè)計相關(guān)軟件在甲基化區(qū)域設(shè)計 甲基化特異性的引物( primer Ⅰ )或非甲基化的引物( primer Ⅱ ) 引物 2 對。
﹡ 進行特異性的 PCR 擴增,只有結(jié)合完全的甲基化或非甲基化特異性引物的片段才能擴增出產(chǎn)物。
﹡ 檢測 MSP 擴增產(chǎn)物,如果用針對處理后甲基化 DNA 鏈的引物能擴增出片段,則說明該被檢測的位點存在甲基化;若用針對處理后的非甲基化 DNA 鏈的引物擴增出片段,則說明被檢測的位點不存在甲基化。
亞硫酸氫鹽測序法(BSP)
亞硫酸氫鹽修飾后測序法( BSP ) Frommer 等( 1992 )提出的研究 DNA 甲基化方法,此方法可靠性及精確度高,能明確目的片段中每一個 CpG 位點的甲基化狀態(tài)。
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設(shè)計BSP引物進行PCR,在擴增過程中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶,zui后對PCR產(chǎn)物進行測序就可以判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化,稱為BSP-直接測序法。將PCR產(chǎn)物克隆至載體后進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為BSP-克隆測序法。
特點:精確度高,能夠準確檢測出甲基化的程度百分比。
流程
﹡ 樣品用Qiagen試劑盒進行基因組 DNA 提取與亞硫酸鹽處理(包括純化和脫磺基反應(yīng)),使 DNA 中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變。
﹡ 用甲基化引物設(shè)計相關(guān)軟件在甲基化區(qū)域兩端設(shè)計引物。
﹡ 進行基因擴增及 PCR 產(chǎn)物回收。
﹡ PCR 產(chǎn)物直接測序或克隆測序(定量分析),分析每個 CpG 島甲基化情況 。
﹡ 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析。與未甲基化的 DNA 樣本進行比對。
樣本要求
■ DNA樣品:濃度 100ng/ul、體積 20ul的總DNA樣品,DNA抽提:血液20元/樣本;新鮮組織30元/樣本;石蠟包埋組織50元/樣本
■ 血液樣品:請?zhí)峁?500ul抗凝血;采用標準的采樣管, EDTA 抗凝或枸椽酸鈉抗凝
■ 組織樣品:請?zhí)峁┳懔康慕M織樣品( 300mg)
■ 細胞( 106 )
■ 甲基化位點信息:免費提供甲基化島分析
提供結(jié)果
MSP:引物序列、實驗報告、包括MSP產(chǎn)物的電泳圖片
BSP:引物序列、測序峰圖、陽性克隆質(zhì)粒和實驗報告