蘇黎世聯(lián)邦理工學院(ETH Zurich)的研究人員開發(fā)了確保測序質(zhì)量的有效方法,并在此基礎(chǔ)上獲得了全面且準確的抗體圖譜。這項研究發(fā)表在最近的Science Advances雜志上。
為了跟蹤免疫系統(tǒng)激活后的抗體生成情況,研究人員對攜帶抗體生產(chǎn)指令的mRNA進行了測序分析?!敖陙頊y序技術(shù)取得了很大的進展,測序速度顯著加快,測序成本大幅下降。然而目前的測序方法并不適合分析抗體RNA,”領(lǐng)導這項研究的Sai Reddy教授解釋道。機體產(chǎn)生的抗體種類非常多,測序抗體RNA需要很高的靈敏性和準確性。
Reddy及其同事創(chuàng)建了一個使用基因條碼的控制系統(tǒng),對RNA測序進行補充和完善。這個系統(tǒng)與計算機分析結(jié)合起來,大大提升了RNA測序的精確性,消除了人為引入突變和RNA分子相對濃度的干擾?!巴ㄟ^這種方式我們能夠去除超過98%的測序錯誤,”Reddy實驗室的博士后Tarik Khan說。
研究人員將自己開發(fā)的體系命名為分子擴增指紋(MAF)。他們在PCR擴增之前給每個RNA分子隨機打上獨一無二的“條碼”。他們還在擴增過程中添加另一種條碼,以記錄PCR擴增的偏好。計算機分析可以通過這些條碼將原始抗體RNA與測序中發(fā)生突變的分子區(qū)分開,還能夠確定抗體RNA原本所占的比例。
這項研究為人們展示的抗體測序方法,適合多種免疫學研究。Reddy正在與多家制藥公司合作,把這一方法用于抗體藥物和疫苗的開發(fā)?!拔覀兊募夹g(shù)可以精確反映HIV感染者體內(nèi)的免疫應(yīng)答過程,”Reddy教授指出。“過去人們只能發(fā)現(xiàn)免疫應(yīng)答中豐度較高的抗體,測序可以準確快速的鑒定那些罕見抗體?!钡鞍踪|(zhì)分析需要抗體達到較高的濃度,無法檢測疾病早期產(chǎn)生的少量抗體分子。這項研究中的測序方法有望幫助人們盡早診斷出癌癥和自身免疫疾病。