在傳統(tǒng)的廣角光學(xué)落射熒光顯微鏡，標本發(fā)出二次熒光經(jīng)常發(fā)生通過激發(fā)卷和掩蓋的特點在于客觀焦平面分辨率。

較厚的標本（大于2微米），這通常表現(xiàn)出這樣的熒光高度的最細的細節(jié)丟失的問題更為復(fù)雜。

共聚焦顯微鏡提供只有邊際改善軸向（Z;沿光軸）和橫向（x和y在試樣的平面）光學(xué)分辨率，而且是能夠排除在從焦平面從產(chǎn)生的圖像區(qū)域的二次熒光。

即使分辨率有所提高共聚焦顯微鏡比傳統(tǒng)的廣角技術(shù)，它仍然是比透射電鏡少。