至2015起云序生物已經(jīng)完成10000+例環(huán)狀RNA全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)，涵蓋了50+疾病，20+物種，幫助眾多客戶在環(huán)狀RNA分子的研究中取得突破性進(jìn)展?？蛻舭l(fā)表的環(huán)狀RNA文章高達(dá)20篇以上。此外云序生物還提供環(huán)狀RNA機(jī)制研究手段，rip RNA pull down技術(shù)，幫助客戶沖刺高分機(jī)制文章。本周小編來講講云序生物客戶利用全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序如何又快速發(fā)表了一篇5分以上的文章（前期講述了好多篇環(huán)狀RNA測(cè)序直接發(fā)表5分的文章的案例，感興趣的伙伴可以點(diǎn)擊往期的鏈接）。 

研究背景：
作為非編碼分子的重要成員，環(huán)狀RNA分子在多種疾病生理學(xué)過程當(dāng)中都扮演著重要的角色。這一次對(duì)于環(huán)狀RNA分子的研究聚焦在了電離輻射對(duì)細(xì)胞的影響。說起電離輻射，其實(shí)在我們的生活中微量輻射幾乎無處不在，土壤中有天然輻射源氡氣，體檢的時(shí)候使用的X射線機(jī)等等。要知道腸上皮細(xì)胞對(duì)（intestinal epithelium）電離放射是高度敏感的，腹部或者盆腔腫瘤病人在接受放放射治療后都會(huì)引起放射毒性造成的腸道損傷。那么問題來了，放射引起的腸道損傷較正常的腸道細(xì)胞，環(huán)狀RNA分子這一次是如何變化的？差異性的環(huán)狀分子功能如何？且聽小編慢慢的為您解讀這篇文章。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：
整個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)為對(duì)照組和照射處理組（實(shí)驗(yàn)組），每組三個(gè)生物學(xué)重復(fù)。其中對(duì)照組為正常野生型小鼠，實(shí)驗(yàn)組小鼠使用Cs137gamma光放射儀以恒定計(jì)量進(jìn)行照射，3.5天后取兩組小鼠空腸組織提取RNA。

圖1. 技術(shù)路線圖

研究?jī)?nèi)容：
1. 環(huán)狀RNA表達(dá)如何？差異表達(dá)的有哪些呢？
高質(zhì)量的測(cè)序服務(wù)，專業(yè)的生信分析，云序生物讓環(huán)狀研究變得容易，這是一條廣告。高質(zhì)量的測(cè)序技術(shù)對(duì)每一個(gè)環(huán)狀的表達(dá)都做到精準(zhǔn)檢測(cè)，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環(huán)位置）給出了所有對(duì)于放射處理后在小鼠空腸組織當(dāng)中環(huán)狀RNA分子的表達(dá)情況。

                                                                                                  圖2. 放射處理后小鼠空腸組織環(huán)狀RNA表達(dá)情況

在此基礎(chǔ)上，哪些環(huán)狀RNA分子發(fā)生了差異表達(dá)？在這里火山圖、Venn圖應(yīng)有盡有。根據(jù)p =0.05和FC =2的標(biāo)準(zhǔn)，一共發(fā)現(xiàn)42個(gè)環(huán)狀發(fā)生上調(diào)，47個(gè)環(huán)狀發(fā)生下調(diào)。

圖3. 差異環(huán)狀RNA的篩選

2. 差異環(huán)狀RNA分子的qPCR驗(yàn)證
對(duì)于一篇做譜的文章，差異環(huán)狀RNA的結(jié)果驗(yàn)證只需做到qPCR即可。對(duì)5個(gè)上調(diào)和5個(gè)下調(diào)的環(huán)狀RNA分子低通量qPCR結(jié)果和高通量的測(cè)序結(jié)果一致。

圖4. 差異RNA分子的qPCR驗(yàn)證

3. 差異表達(dá)的環(huán)狀RNA分子功能預(yù)測(cè)
GO分析和Pathway分析作為功能預(yù)測(cè)當(dāng)中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當(dāng)中，包括結(jié)合、催化、細(xì)胞因子和細(xì)胞分泌等GO條目均發(fā)生富集。KEGG分析預(yù)測(cè)結(jié)果顯示差異環(huán)狀RNA的靶基因與MAPK信號(hào)通路相關(guān)（Cacna1e、Mras、 Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報(bào)道顯示EGF介導(dǎo)的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號(hào)通路活化與腸道干細(xì)胞增值相關(guān)。

圖5. 差異表達(dá)環(huán)狀RNA分子的功能預(yù)測(cè)

海綿機(jī)制預(yù)測(cè)ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。按照海綿機(jī)制的反式調(diào)控方式，該網(wǎng)絡(luò)中包括42個(gè)上調(diào)和48個(gè)下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，以及預(yù)測(cè)相互結(jié)合的22個(gè)靶基因mRNA。

圖6. ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖

總結(jié)：
通過文章解析我們看到這是一篇典型的環(huán)狀RNA分子做譜文章，文章中展示的結(jié)果同大部分做譜文章類似，從表達(dá)、差異、富集到靶基因預(yù)測(cè)，從頭到尾一氣呵成，但是這樣一篇做譜的文章能發(fā)表在5.5分的雜志上面是有他的原因的。首先該研究是首次在輻射條件下研究腸道細(xì)胞中環(huán)狀RNA分子的變化，處理方式和解決問題的角度較以往不同，其次生信分析全面并且準(zhǔn)確，富集分析當(dāng)中多個(gè)跟腸道細(xì)胞增殖、應(yīng)激過程中的信號(hào)通路以及基因相關(guān)，說明環(huán)狀在整個(gè)細(xì)胞生物學(xué)變化過程中起到了重要作用。這樣一篇經(jīng)濟(jì)實(shí)惠且思路清晰的文章相信是環(huán)狀RNA分子做譜的典范，如果老師您也希望短平快的發(fā)表這樣一篇文章，歡迎咨詢上海云序生物，我們會(huì)給您最好的科研服務(wù)。
全文信息：
Qianying Lu, Wei Gong, et al. Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation. Cell Physiol Biochem (2018), http://sci-hub.tw/10.1159/000491652
 
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