橋本甲狀腺炎是一種甲狀腺組織免疫能力受損而引起的自身免疫疾病。已有多篇研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA在自身免疫性疾病中發(fā)揮重要作用，但目前還沒(méi)有關(guān)于環(huán)狀RNA參與甲狀腺炎的文章報(bào)道。
在本研究中，作者通過(guò)云序生物全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，以5名橋本甲狀腺炎患者和5名健康人的外周血單核細(xì)胞為樣品，快速篩選到多個(gè)在患病組中高表達(dá)的環(huán)狀RNA。其中，hsa_circ_0089172與臨床應(yīng)用關(guān)系最為密切并與傳統(tǒng)分子標(biāo)志物的表達(dá)水平正相關(guān)。同時(shí)，還篩選到一個(gè)與miR-125a-3p結(jié)合并能夠負(fù)調(diào)控其表達(dá)量的環(huán)狀RNA。總的來(lái)說(shuō)，本文通過(guò)高通量測(cè)序手段，成功找到一個(gè)最有可能作為橋本甲狀腺炎的潛在診斷標(biāo)志物和一個(gè)可能通過(guò)海綿機(jī)制吸附miRNA發(fā)揮重要關(guān)鍵作用的環(huán)狀RNA。 論文標(biāo)題：橋本甲狀腺炎環(huán)狀RNA表達(dá)譜和hsa_circ_0089172可能通過(guò)吸附miR125a-3p參與海綿機(jī)制
發(fā)表期刊：Mol Ther Nucleic Acids
影響因子：5.92
技術(shù)手段：云序生物全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
實(shí)驗(yàn)樣本：橋本甲狀腺炎和正常人外周血單核細(xì)胞 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1.云序生物全轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序快速協(xié)助客戶找到組間差異環(huán)狀RNA
在橋本甲狀腺炎和正常組間，作者在環(huán)狀RNA測(cè)序結(jié)果中，將閾值定在變化倍數(shù) 2，p值 0.05，檢測(cè)到627個(gè)差異表達(dá)環(huán)狀RNA，上調(diào)的有370條，下調(diào)的有257條；有189條環(huán)狀從未被報(bào)道過(guò)。對(duì)環(huán)狀RNA基因組來(lái)源進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA可分為5類，其中外顯子區(qū)產(chǎn)生的環(huán)狀RNA占大多數(shù)。 2.預(yù)測(cè)與差異表達(dá)環(huán)狀RNA結(jié)合的miRNA
已有研究表明，環(huán)狀RNA可通過(guò)吸附miRNA調(diào)節(jié)基因功能。因此，本研究預(yù)測(cè)了差異表達(dá)環(huán)狀可能結(jié)合的miRNA，一共459，846個(gè)。在本文中，展示了15條感興趣環(huán)狀RNA（圓圈）和最有可能結(jié)合的前5個(gè)miRNA（小三角）。 3.差異表達(dá)環(huán)狀RNA功能預(yù)測(cè)
通過(guò)在疾病組差異上調(diào)環(huán)狀RNA來(lái)源基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，在分子生物學(xué)（MF）方面具備核質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)體活性，pre-mRNA 結(jié)合和FAD結(jié)合等功能；在生物學(xué)過(guò)程（BP）方面具備調(diào)控RNA出核，高爾基體內(nèi)吞轉(zhuǎn)運(yùn)和負(fù)調(diào)控DNA復(fù)制過(guò)程；在細(xì)胞組分（CC）方面具備樹(shù)突細(xì)胞質(zhì)等潛在功能。主要參與的信號(hào)通路包括MAPK，HIF-1和趨化因子，三者共同調(diào)控NF-kB通路。 4.環(huán)狀RNA表達(dá)量驗(yàn)證
在30個(gè)橋本甲狀腺炎和30個(gè)健康組外周血單核細(xì)胞為樣本，選取了在實(shí)驗(yàn)組中差異上調(diào)的6個(gè)環(huán)狀RNA進(jìn)行PCR驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其中有4個(gè)與測(cè)序結(jié)果一致。 5.借助ROC曲線深入分析環(huán)狀與臨床關(guān)系
ROC曲線是用于評(píng)估分子是否適合作為潛在臨床診斷標(biāo)志物的評(píng)估手段。ROC曲線顯示，環(huán)狀hsa_circ_0000075最具備作為臨床標(biāo)志物的潛力，hsa_circ_0012152和hsa_circ_0089172其次。 6.hsa_circ_0089172與疾病傳統(tǒng)分子標(biāo)志物關(guān)系
hsa_circ_0089172與疾病傳統(tǒng)分子標(biāo)志物TPOAb相關(guān)，然而與TGAb 不相關(guān)。 7.hsa_circ_0089172和miR-125a-3p之間關(guān)系
已有研究證實(shí)，miR-125a-3p在疾病組中低表達(dá)，并主要調(diào)控靶基因IL-3R表達(dá)。該miRNA還與本次測(cè)序結(jié)果中的hsa_circ_0089172堿基互補(bǔ)配對(duì)。借助定量PCR，作者在測(cè)序樣本中同樣證實(shí)該miRNA在疾病組中是差異性低表達(dá)的。 8.hsa_circ_0089172，miR-125a-3p，IL-23R表達(dá)量關(guān)聯(lián)分析
為研究hsa_circ_0089172，miR-125a-3p，IL-23R mRNA表達(dá)量，作者首先構(gòu)建了hsa_circ_0089172敲降細(xì)胞，驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)環(huán)狀表達(dá)量的確下調(diào)了。接著，在環(huán)狀RNA敲降細(xì)胞中驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)miR-125a-3p上調(diào)和IL-23R mRNA下調(diào)的表達(dá)趨勢(shì)。
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