目的基因不能直接整合到大多數(shù)真核細(xì)胞,常用的手段是將目的基因包裝成病毒來感染
細(xì)胞,從而得到表達(dá)滿足實(shí)驗(yàn)需求。
1、病毒的種類
病毒有很多種,常見的有慢病毒和腺病毒
1.1 慢病毒
1.1.1 原理
慢病毒(Lentivirus)是逆轉(zhuǎn)錄病毒的一種。構(gòu)建的 siRNA / miRNA 慢病毒載體,與
化學(xué)合成的 siRNA 和基于瞬時(shí)表達(dá)載體構(gòu)建的普通 siRNA 載體相比,一方面可以擴(kuò)增替
代瞬時(shí)表達(dá)載體使用,另一方面,Lentivirus-siRNA 克隆經(jīng)過慢病毒包裝系統(tǒng)包裝后,可
用于感染依靠傳統(tǒng)轉(zhuǎn)染試劑難于轉(zhuǎn)染的細(xì)胞系如原代細(xì)胞、懸浮細(xì)胞和處于非分裂狀態(tài)的細(xì)
胞,并且在感染后可以整合到受感染細(xì)胞的基因組,進(jìn)行長時(shí)間的穩(wěn)定表達(dá)。
1.1.2 特點(diǎn)
1) 直接包裝成為假病毒顆粒,對分裂和非分裂細(xì)胞均有感染作用,適合 RNAi 研究和體
內(nèi)實(shí)驗(yàn)中難于轉(zhuǎn)染的細(xì)胞 (比如神經(jīng)元細(xì)胞、干細(xì)胞或其它原代細(xì)胞)。
2) 可以通過簡單方式,在短時(shí)間內(nèi)獲得穩(wěn)定表達(dá)特定基因的多種細(xì)胞株。
3) 可用于基因敲除、基因治療和轉(zhuǎn)基因動物研究。
4) 無需任何轉(zhuǎn)染試劑,操作簡便。
5) 可以根據(jù)客戶需要制備多種標(biāo)記。
1.1.3 慢病毒包裝簡要流程:
1) 含有目的基因的慢病毒 RNAi 干擾載體的構(gòu)建和質(zhì)粒純化提取。
2) 慢病毒載體,包裝系統(tǒng)共轉(zhuǎn)染病毒包裝細(xì)胞 293T 等。3) 培養(yǎng) 48hrs - 72hrs 左右,收集含有病毒的上清培養(yǎng)液。
4) 病毒的純化和濃縮。
5) 分裝、- 80 ℃保存。
6) 滴度測定目的基因檢定,并出具檢測報(bào)告。
1.2、腺病毒
1.2.1 原理
腺病毒(Adenovirus,Ad)是一種無包膜的線狀雙鏈 DNA 病毒,其復(fù)制不依賴于宿主
細(xì)胞的分裂。有近 50 個(gè)血清型,大多數(shù) Ad 載體都是基于血清型 2 和 5,通過轉(zhuǎn)基因的方
式取代 E1 和 E3 基因,降低病毒的復(fù)制能力。這些重組病毒僅在高水平表達(dá) E1 和 E3 基因
的細(xì)胞中復(fù)制,因此是一種適用于治療的高效控制系統(tǒng)。
1.2.2 特點(diǎn)
1) 幾乎可以感染所有類型的細(xì)胞
2) 可以獲得復(fù)制缺陷型 (E1 和 E3 缺失) 的腺病毒
3) 病毒滴度高,產(chǎn)生病毒經(jīng)過濃縮后可以達(dá)到 1012 PFU/mL,能有效的進(jìn)行增殖。
4) 腺病毒載體感染宿主的范圍比較廣,制備容易,操作簡單.
5) 感染細(xì)胞時(shí),不整合到染色體中,不存在激活致癌基因或插入突變等危險(xiǎn),生物安全
性高。
1.2.3 腺病毒包裝簡要流程
1) 構(gòu)建表達(dá) siRNA/miRNA 的腺病毒載體
2) 采用 PacI 消化純化的質(zhì)粒。
3) 消化好的腺病毒表達(dá)載體轉(zhuǎn)染 293A 細(xì)胞,收獲細(xì)胞以制備病毒粗提液。
4) 將病毒粗提液感染 293A 細(xì)胞以擴(kuò)增病毒。5) 分裝,-80℃保存。
1.3、慢病毒和腺病毒的比較
慢病毒載體系統(tǒng)和腺病毒載體系統(tǒng)比較
病毒表達(dá)系統(tǒng)
慢病毒表達(dá)系統(tǒng)(Lentivirus)
腺病毒表達(dá)系統(tǒng)(Adenovirus)
病毒基因組
RNA 病毒
雙鏈 DNA 病毒
復(fù)制
自主復(fù)制
自主復(fù)制
是否整合
病毒基因組整合于宿主基因組,長時(shí)
間、穩(wěn)定表達(dá)外源基因
病毒基因組游離于宿主基因組外,瞬
時(shí)表達(dá)外源基因
感染細(xì)胞類型
感染分裂和不分裂細(xì)胞,適用于難轉(zhuǎn)
染的原代細(xì)胞(如神經(jīng)細(xì)胞)及體內(nèi)
實(shí)驗(yàn)
感染分裂和不分裂細(xì)胞
表達(dá)風(fēng)度
中水平表達(dá)
高水平表達(dá)
表達(dá)時(shí)間
慢(1-3 天)
快(1-2 天)
滴度
滴度zui高可達(dá) 10*8pfU/ml
滴度zui高可達(dá) 10*11pfU/ml
克隆容量
可插入不超過 8kb 的外源片段,滴度
隨插入片段長度增加而降低
可插入高達(dá) 8kb 的外源片段,滴度隨
插入片段長度增加而降低
免疫原性
低免疫原性
高免疫原性2、構(gòu)建目的基因到載體
2.1 構(gòu)建手段
一般是根據(jù)原始質(zhì)粒信息確定克隆方案,有以下兩種手段。
1)如果原始質(zhì)粒與載體有匹配酶切位點(diǎn),采用相應(yīng)的內(nèi)切酶切下相應(yīng)片段,回收并連接到
載體,酶切,并測序鑒定
2)如果沒有匹配的酶切位點(diǎn),則設(shè)計(jì)帶有特殊接頭的引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,得到目的片段,
采用相應(yīng)的內(nèi)切酶切下相應(yīng)片段,回收并連接到穿梭載體,酶切,并測序鑒定
2.2 質(zhì)粒載體
2.2.1 概念
能夠進(jìn)行自主復(fù)制的環(huán)狀 DNA 雙鏈結(jié)構(gòu),包括真核生物的細(xì)胞器(主要指線粒體和葉
綠體)中和細(xì)菌細(xì)胞擬核區(qū)以外的環(huán)狀脫氧核糖核酸(DNA)分子
2.2.2 特征
質(zhì)粒上常有抗生素的抗性基因,例如,四環(huán)素抗性基因或卡那霉素抗性基因等。有些質(zhì)
粒稱為附加體(episome),這類質(zhì)粒能夠整合進(jìn)真菌的染色體,也能從整合位置上切離下來
成為游離于染色體外的 DNA 分子。質(zhì)粒在宿主細(xì)胞體內(nèi)外都可復(fù)制。通過個(gè)些特性,人們
可以把一些目的 DNA 片斷構(gòu)建在質(zhì)粒中,通過轉(zhuǎn)化入大腸桿菌中,利用選擇培養(yǎng)基來篩選
從而不斷的復(fù)制,來得到目的產(chǎn)物。3、質(zhì)粒 DNA 在大腸桿菌里轉(zhuǎn)化
連接上目的基因的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化大腸桿菌是為了讓目的基因在大腸桿菌里擴(kuò)增,然后提取質(zhì)
粒,以下是質(zhì)粒 DNA 在大腸桿菌里轉(zhuǎn)化的三步驟。
3.1 大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞的制備
1)從大腸桿菌平板上挑取一個(gè)單菌落于 3mlLB 培養(yǎng)基的試管中,37℃振蕩培養(yǎng)過夜。
2)取 0.4ml 菌液轉(zhuǎn)接到 40mlLB 液體培養(yǎng)基中,37℃振蕩培養(yǎng) 2~3h
3)菌液轉(zhuǎn)移到 50ml 離心管中,冰上放置 10min
4)4℃離心 10min(4000r/min)
5)倒出培養(yǎng)液,將管口倒置以便培養(yǎng)液流盡
6)用冰浴的 0.1mol/L 氯化鈣 10ml 懸浮細(xì)胞沉淀,立即冰浴 30min
7)4℃離心 10min(4000r/min)
8)倒出上清液,用冰浴的 0.1mol/L 氯化鈣 2ml 懸浮細(xì)胞(冰上放置)
9)分裝細(xì)胞,200ul 一份,4℃保存
3.2 質(zhì)粒 DNA 的轉(zhuǎn)化
1)取 200ul 新鮮制備的感受態(tài)細(xì)胞,加入質(zhì)粒 DNA2ul 混勻,冰浴 30min
2)離心管放到 42℃保溫 90s
3)冰浴 2min
4)每管加 800ulLB 液體培養(yǎng)基,37℃培養(yǎng) 1h(150r/min)
5)取適當(dāng)體積(100ul)的復(fù)蘇細(xì)胞,涂布在選擇性培養(yǎng)基上,正置 30min
6)倒置平皿 37℃,12~16h,出現(xiàn)菌落
3.3 質(zhì)粒提取步驟
1)取 1~4ml 在 LB 培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜的菌液,12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄上清2)加 250ul 溶液Ⅰ/RNaseA(溶液Ⅰ為細(xì)胞懸浮液)混合液,漩渦劇烈振蕩直至菌體完全
重新懸浮,室溫靜置 1-2min。
3)加入 250ul 溶液Ⅱ(細(xì)胞裂解液),輕柔的反復(fù)顛倒混勻 5-6 次。室溫放置 1-2min,使
菌體充分裂解,直至形成澄清的裂解溶液。
4)加入 350ul 溶液Ⅲ(中和液),立刻輕柔地反復(fù)顛倒混勻 5-6 次,此時(shí)會出現(xiàn)白色絮狀
沉淀。
5)12000 室溫離心 10min,收集上清。
6)將上清置于 DNA 純化柱中,靜置 1-2min。
7)12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液。
8)加入 500ul 溶液 PB(洗滌液)12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液,目的是將硅膠膜上吸附
的蛋白、鹽等雜質(zhì)洗脫,以獲得高質(zhì)量質(zhì)粒 DNA。
9)加入 500ul 溶液 W(去鹽液),12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液,重復(fù)一次。
10)12000 轉(zhuǎn)離心 3min,以徹底去除純化柱中殘留的液體。
11)將 DNA 純化柱置于新的離心管中,懸浮滴加 50-100ul 溶液 Eluent(為無菌的雙蒸水,
PH 為 8.0-8.5),室溫放置 2min。
12)12000 轉(zhuǎn)離心 1min,此時(shí)管底即為高純度的質(zhì)粒 DNA,質(zhì)粒于-20℃保存。
質(zhì)粒提取步驟:吸取液體培養(yǎng)基于 1.5ml 離心管中 12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄上清,吸取培
養(yǎng)基重復(fù)離心棄上清離心,留取少量菌液作為菌種保存,可直接置于-20℃ 加
250ulBufferS1 懸浮細(xì)菌,懸浮均勻 加 250ulBufferS2 溫和充分的上下翻轉(zhuǎn) 4-6 次混
合均勻,使菌體裂解 加 350ulBufferS3 溫和上下翻轉(zhuǎn) 12000 離心 10min 取上清
液轉(zhuǎn)移到專用的制備管(2ml)12000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液 加 500ulBufferW112000轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液 加 500ulBufferW212000 轉(zhuǎn)離心 1min,棄濾液,重復(fù)一遍
將制備管置回 2ml 離心管 12000 轉(zhuǎn)離心 1min 將制備管移入新的 1.5ml 離心管中,
加 60~80ulEluent 或離子水,室溫 1min12000 轉(zhuǎn)離心 1min 移去制備管,將有質(zhì)粒
的離心管于 4℃或是-20℃保存4、質(zhì)粒 DNA 和其他包裝質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染 293T 細(xì)胞產(chǎn)生病毒(即病毒包裝)
4.1 名詞解釋
4.1.1293T 細(xì)胞是由 293 細(xì)胞派生, 表達(dá) SV40 大 T 抗原的人腎上皮細(xì)胞系, 被廣泛應(yīng)用
于瞬時(shí)轉(zhuǎn)染以過表達(dá)各種目標(biāo)蛋白, 或是用以包裝病毒。
4.1.2 脂質(zhì)體:某些細(xì)胞質(zhì)中的天然脂質(zhì)小體,可作為生物膜,用于捕獲外源性物質(zhì)后更有
效地運(yùn)送到靶細(xì)胞,經(jīng)同細(xì)胞融合而釋放。
4.2 共轉(zhuǎn)染的操作步驟
第1天:用無抗生素 DMEM+10%FBS 鋪板 293FT 細(xì)胞,2ml/孔。確保第二天細(xì)胞密度達(dá)
到 80%-90%融合度
第二天:
1. 500ul 無血清培養(yǎng)基稀釋 2ug 表達(dá)質(zhì)粒+1.5ug psPAX2+1.5ug pMD2.G
2. 500ul 無血清培養(yǎng)基稀釋 15ul 脂質(zhì)體 2000
3. 5min 后,將 DNA 溶液和脂質(zhì)體溶液混合,室溫靜止 20min
4. 從 6 孔板中吸出 1ml 無血清培養(yǎng)基,然后滴加入 1ml 質(zhì)粒和脂質(zhì)體混合物。
5. 6-10h 后,移除含有 DNA-脂質(zhì)體復(fù)合物的培養(yǎng)基,代之以正常培養(yǎng)液 DMED+10%FB
(從此刻開始算時(shí)間)。
第三天:
1.轉(zhuǎn)染 24h 后,熒光顯微鏡下觀察,轉(zhuǎn)染效率應(yīng)達(dá)到 70%以上
第四天:
1.轉(zhuǎn)染后 48 和 72h 分別收獲含病毒的上清。
2.3000 rpm 離心 20min,0.45um 濾膜過濾,去除細(xì)胞沉淀。
3.12000 轉(zhuǎn)離心濃縮細(xì)胞、分裝-80 C 貯存。4.滴度測定目的基因檢定,并出具檢測報(bào)告。
4.3 病毒包裝的原理
質(zhì)粒 DNA 為能轉(zhuǎn)錄出慢病毒遺傳物質(zhì)(RNA),但不能翻譯出慢病毒的外殼及蛋白成
分的載體質(zhì)粒,其同時(shí)連有目的基因和報(bào)告基因,psPAX2 為能表達(dá)慢病毒外殼的質(zhì)粒,其
表達(dá)產(chǎn)物可通過粘附機(jī)制更易穿過細(xì)胞膜, pMD2.G 為慢病毒的膜蛋白質(zhì)粒,通過
lipofectamine2000 進(jìn)行三質(zhì)粒共轉(zhuǎn)到靶細(xì)胞基因組中,宿主基因組在表達(dá)時(shí),隨宿主基
因轉(zhuǎn)錄出的目的基因 RNA 與 psPAX2、pMD2.G 基因翻譯出的蛋白組裝為慢病毒。
在上述程序中提及的 第四天 收集病毒。在第五天再用該病毒感染靶細(xì)胞,病毒進(jìn)入
細(xì)胞后,其遺傳物質(zhì) RNA 反轉(zhuǎn)錄出 DNA,該基因再整合到靶細(xì)胞的基因組中,完成轉(zhuǎn)染
過程,因?yàn)橘|(zhì)粒 DNA 只能轉(zhuǎn)錄出病毒 RNA 和表達(dá)目的基因卻不能表達(dá)出病毒的外殼和膜
蛋白成分,因此其不能像普通的病毒一樣在宿主細(xì)胞能反復(fù)增殖,故對宿主細(xì)胞是無害的并
且高效的將目的基因轉(zhuǎn)然到靶細(xì)胞基因組中。5、慢病毒感染細(xì)胞
5.1 流程圖
5.2 感染步驟
1)鋪板:將對數(shù)生長期的細(xì)胞消化重懸后,按 1*105/L 密度接種于 12 孔板,生長過夜
2)感染:將 70-80%鋪滿 12 孔板中的培養(yǎng)液吸除,換新鮮的培養(yǎng)液,同時(shí)加入 PBS 濃度
梯度稀釋的病毒液,混合均勻后即可放入孵箱培養(yǎng)。
3) 24h 左右可換液,48 小時(shí)即可看熒光,具體根據(jù)細(xì)胞狀態(tài)來看。
5.3 熒光顯微鏡的操作流程
打開熒光器(30min 內(nèi)不能關(guān)閉,否則影響顯微鏡壽命),細(xì)胞培養(yǎng)板置于載物臺,調(diào)
節(jié)物鏡和光圈,先用自然光觀察視野內(nèi)細(xì)胞,再關(guān)閉光,開啟熒光通道,觀察熒光強(qiáng)度,判
定感染率。圖片取樣前可以調(diào)節(jié)曝光時(shí)間,增益值和彩色度使熒光照片zui完美。(針對 leica)
5.4 注意事項(xiàng)內(nèi)容
1.病毒濃度要適宜,太少的話細(xì)胞被感染的也少,但是病毒濃度太大,對細(xì)胞有傷害。
2.感染病毒時(shí)培養(yǎng)基量少,以保證病毒的濃度,在培養(yǎng) 10h 左右可根據(jù)培養(yǎng)基顏色加培養(yǎng)
基。
3.在不明確細(xì)胞感染復(fù)數(shù)情況下,可進(jìn)行濃度梯度感染,計(jì)算細(xì)胞感染復(fù)數(shù)。4.在加病毒后一般 24h 左右可換液,48 小時(shí)即可看熒光,具體時(shí)間根據(jù)細(xì)胞狀態(tài)來看。6、感染后的細(xì)胞檢測方法
6.1 熒光初步檢測
若有熒光,則表示病毒感染成功,但并不能確定目的基因是否整合到細(xì)胞中,待進(jìn)一步
檢測,熒光有強(qiáng)弱之分,與病毒加入的量有關(guān)。
6.2RNA 的提取及 RT-PCR 檢測
6.2.1 原理
因?yàn)檎婧思?xì)胞 DNA 含有很多非編碼區(qū),真核生物的 DNA 轉(zhuǎn)錄成為 RNA 之后,經(jīng)過
剪切和拼接,去掉這些非編碼區(qū),才能形成真正的 mRNA,,是否表達(dá)真核生物的基因并表
達(dá)相應(yīng)的蛋白,只能通過提取其 mRNA 并 RT-PCR 這條途徑來測定
6.2.2RNA 提取步驟
加 1mlTrizol,吹打后移至 1.5ml 無菌的離心管中;加 100ul lv仿劇烈振蕩 30s 混勻,
12000 轉(zhuǎn) 15min,可看到明顯分層;取上層透明液體至新的 1.5ml 離心管中,加等體積的
異丙醇,混勻靜置 10min,12000 轉(zhuǎn)離心 10min,棄上清,加 1ml70%乙醇,12000 轉(zhuǎn),
離心 10min,棄上清,風(fēng)干剩余液體,zui后加 DEPC-水溶解 RNA,電泳,粗步判定 RNA
純度。
6.2.3RT-PCR 步驟:
RT 是一個(gè)逆轉(zhuǎn)錄的過程,用前一天提取好的總 RNA,在加入引物,模版和酶,并在 PCR
儀的溫度設(shè)置下,RNA 可逆轉(zhuǎn)錄為 cDNA。
PCR 是 cDNA 在模版,引物,酶的作用下進(jìn)行復(fù)制成雙鏈 DNA。(具體步驟省略)
6.3 蛋白提取及 Western 檢測
western-Bloting:蛋白免疫印跡(Western blotting 或 Immunoblotting)一般由
凝膠電泳、樣品的印跡和免疫學(xué)檢測三個(gè)部分組成。第1步是做 SDS 聚丙烯酰胺凝膠電泳,使待測樣品中的蛋白質(zhì)按分子量大小在凝膠中分成帶。 第二步把凝膠中已分成條帶的蛋白
質(zhì)轉(zhuǎn)移到一種固相支持物上, 用得zui多的材料是硝酸纖維素膜(NC 膜)和 PVDF 膜, 蛋
白轉(zhuǎn)移的方法多用電泳轉(zhuǎn)移 (轉(zhuǎn)移電泳) ,它又有半干法和濕法之分,現(xiàn)在大多用濕法。
第三步是用特異性的抗體檢測出已經(jīng)印跡在膜上的所要研究的相應(yīng)抗原。免疫檢測的方法可
以是直接的和間接的?,F(xiàn)在多用間接免疫酶標(biāo)的方法,在用特異性的第1抗體雜交結(jié)合后,
再用酶標(biāo)的第二抗體(堿性磷酸酶(AP)或辣根過氧化物酶(HRP)標(biāo)記的抗第1抗體的
抗體)雜交結(jié)合,再加酶的底物顯色或者通過膜上的顏色或 X 光底片上暴光的條帶來顯示
抗原的存在。該技術(shù)被廣泛應(yīng)用于蛋白表達(dá)水平的檢測中。
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