所有RNA分子在完成重要任務(wù)時都需要蛋白質(zhì)作為結(jié)合伴侶,近日,一項刊登在國際雜志Cell上的研究報告中,來自德國癌癥研究中心等機構(gòu)的科學家們通過研究開發(fā)出了一種新方法,這種新方法能幫助分析細胞中完整的RNA蛋白網(wǎng)絡(luò)的組成情況。RNA分子在細胞中能發(fā)揮重要的作用,比如信使RNA分子(mRNA)能夠幫助將儲存在DNA中的遺傳信息翻譯成為蛋白質(zhì),然而,其它很多RNA分子的功能或許并不是翻譯蛋白質(zhì),實際上,人類細胞中僅有5%的RNA才是mRNA。
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為了發(fā)揮更多功能,RNA分子就必須與蛋白質(zhì)相結(jié)合,有時候,不同類型的RNA會與特殊的蛋白質(zhì)一起形成高度復(fù)雜的分子機器,例子就是進行蛋白質(zhì)合成的核糖體;研究者Jeroen Krijgsveld說道,我們機體每一個細胞中都有RNAs和蛋白質(zhì)之間的巨大互作網(wǎng)絡(luò),但目前為止我們并不清楚這種網(wǎng)絡(luò)的具體組成情況以及如何發(fā)揮作用;這項研究中我們就想通過研究理解到底哪一種蛋白質(zhì)會與RNAs相結(jié)合,以及當細胞處于壓力狀態(tài)下時這種網(wǎng)絡(luò)如何有效區(qū)分不同的細胞類型,這項研究中我們就開發(fā)出了一種新方法來進行研究分析。
截至目前為止,這種分析只能針對某一類RNAs,比如mRNAs,mRNA是指導(dǎo)蛋白質(zhì)序列的模板,蛋白質(zhì)能與所謂的非編碼RNA類型相互作用,而其中有些非編碼RNA分子研究人員已經(jīng)研究很多年了,但利用當前的方法研究人員并不能對兩者之間的相互作用進行檢測,非編碼RNAs的數(shù)量勝過mRNA分子,而且其能夠完成多種調(diào)節(jié)性的角色。
這項研究中,研究人員成功開發(fā)了一種名為XRNAX的方法來分析所有RNA分子與細胞蛋白之間的相互作用,利用這種工具,研究者就能夠進行定量化的分析,不僅能夠觀察到哪些蛋白質(zhì)能與RNA相結(jié)合,還能觀察到其結(jié)合的程度到底如何;以這種方式,研究人員就能夠觀察到細胞暴露于毒素狀況下RNA的結(jié)合如何發(fā)生改變,此外,研究人呢元還能夠鑒別出成百上千個此前未知的能與RNA相結(jié)合的特殊蛋白質(zhì)。
最后研究者Jakob Trendel解釋道,在XRNAX工具的幫助下,我們就能夠測定蛋白質(zhì)和RNA之間的相互作用,此前研究人員根本無法實現(xiàn)這種測量;很多蛋白質(zhì)-RNA相互作用都被認為與多種人類疾病發(fā)生有關(guān),比如癌癥、肌萎縮側(cè)索硬化癥和諸如HIV等病毒感染,而基于本文研究結(jié)果,目前研究人員就能夠利用這種新型工具對RNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用進行更為詳細地分析了。(生物谷)
原始出處:
Jakob Trendel, Thomas Schwarzl, Ananth Prakash, et al. The Human RNA-Binding Proteome and Its Dynamics During Arsenite-Induced Translational Arrest, Cell 2018, DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.004
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