雷勃LabsystemsMK3、伯樂Bio-rad680、寶特Elx-800、奧地利安圖斯2010、雷杜酶標(biāo)儀/雷勃LabsystemsMK2、伯樂Bio-rad1575、寶特Elx-50洗板機(jī)/日本三洋SANYO(MDF-382E超低溫冰箱、MIR-253低溫培養(yǎng)箱、MLS-3750高壓滅菌器、CO2培養(yǎng)箱)/Shellab(1004分子雜交箱、2306二氧化碳培養(yǎng)箱、WPC65水浴箱)/美國Millipore Q Biocel 純水系統(tǒng)/德國艾本德eppendorf、大龍、雷勃Labsystems、法國吉爾森Gilson 移液器/德國艾本德eppendorf5415D、德國賀力氏Heraeus Primo R 離心機(jī)/美國ABI 2720 9700、德國艾本德eppendorf5332 PCR基因擴(kuò)增儀/德國Heraeus(賀力氏)BB15、美國REVCO 3000T、美國熱電Foma3111 二氧化碳培養(yǎng)箱/梅特勒Mettler Toledo、賽多利斯 分析天平/全系列Bio-rad電泳系統(tǒng)/美國MEDICA全自動電解質(zhì)分析儀/新加坡ESCO二級生安全柜/意大利Scout 半自動生化分析儀/數(shù)碼相機(jī)型、CCD型 凝膠成像/數(shù)碼相機(jī)型、CCD型 顯微成像/ 國產(chǎn)(制冰機(jī)、各類實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)箱、可見分光光度計(jì)、微量熒光檢測儀)/各類實(shí)驗(yàn)室耗才(吸嘴、離心管、培養(yǎng)板、培養(yǎng)皿、比色皿、培養(yǎng)瓶、酶標(biāo)板、離心管架、吸嘴盒、封口膜)
運(yùn)用DGGE搜尋未知突變
DGGE 是基于以下原理,即增加聚丙烯酰胺凝膠內(nèi)變性劑的濃度會熔解雙鏈DNA 的不同區(qū)域。當(dāng)溫度達(dá)到zui低熔解度區(qū)域的熔解溫度Tm 時,DNA 部分熔解,在凝膠中形成遷移率下降的分支分子(Myers et al.1987)。在均一的運(yùn)行溫度(50 65 C)和尿素與甲酰胺線性變性梯度條件下即形成了變性環(huán)境。梯度以垂直或平行于電泳方向形成。DGGE 是zui靈敏的突變檢測方法,其效率可達(dá)99%(Grompe 1993)。DCode 系統(tǒng)通過以下途徑優(yōu)化DGGE:
溫度控制模塊提供45 70 C 內(nèi)的一致運(yùn)行溫度 系統(tǒng)可運(yùn)行2 塊16 x 16 cm 凝膠或4 塊7.5 x 10 cm 凝膠 可選擇的MacMelt 或WinMelt 軟件優(yōu)化了GC 夾及引物的置放DGGE 的兩種模式。A ,凝膠的變性梯度方向與電泳方向垂直。從原生乳腺癌種擴(kuò)增的p53 基因6 號外顯子的野生型和突變型等位基因通過垂直DGGE(80V,56 C,2 小時)分離。感謝AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的數(shù)據(jù)。B ,凝膠的變性梯度方向與電泳方向平行。p53 基因8 號外顯子的野生型和突變型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.5:1 平行梯度(40 65% 變性劑)凝膠上,1 x TAE 緩沖液, 60 C,150 V,電泳2.5 個小時。左泳道,突變型等位基因;中,野生型等位基因;右,突變型與野生型等位基因。
DGGE分離示意圖。所示為一個變性梯度方向與電泳方向垂直的凝膠,以及一個有單個熔解區(qū)域的目標(biāo)序列。野生型和突變型樣品加入到制備孔內(nèi)。在低變性劑濃度時,DNA 片段為雙鏈,但當(dāng)濃度增加時雙鏈DNA 開始熔解,形成分枝分子。到濃度非常高時,DNA 片段可熔解形成2條單鏈。
運(yùn)用DGGE搜尋未知突變
DGGE 是基于以下原理,即增加聚丙烯酰胺凝膠內(nèi)變性劑的濃度會熔解雙鏈DNA 的不同區(qū)域。當(dāng)溫度達(dá)到zui低熔解度區(qū)域的熔解溫度Tm 時,DNA 部分熔解,在凝膠中形成遷移率下降的分支分子(Myers et al.1987)。在均一的運(yùn)行溫度(50 65 C)和尿素與甲酰胺線性變性梯度條件下即形成了變性環(huán)境。梯度以垂直或平行于電泳方向形成。DGGE 是zui靈敏的突變檢測方法,其效率可達(dá)99%(Grompe 1993)。DCode 系統(tǒng)通過以下途徑優(yōu)化DGGE:
溫度控制模塊提供45 70 C 內(nèi)的一致運(yùn)行溫度 系統(tǒng)可運(yùn)行2 塊16 x 16 cm 凝膠或4 塊7.5 x 10 cm 凝膠 可選擇的MacMelt 或WinMelt 軟件優(yōu)化了GC 夾及引物的置放DGGE 的兩種模式。A ,凝膠的變性梯度方向與電泳方向垂直。從原生乳腺癌種擴(kuò)增的p53 基因6 號外顯子的野生型和突變型等位基因通過垂直DGGE(80V,56 C,2 小時)分離。感謝AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的數(shù)據(jù)。B ,凝膠的變性梯度方向與電泳方向平行。p53 基因8 號外顯子的野生型和突變型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.5:1 平行梯度(40 65% 變性劑)凝膠上,1 x TAE 緩沖液, 60 C,150 V,電泳2.5 個小時。左泳道,突變型等位基因;中,野生型等位基因;右,突變型與野生型等位基因。
DGGE分離示意圖。所示為一個變性梯度方向與電泳方向垂直的凝膠,以及一個有單個熔解區(qū)域的目標(biāo)序列。野生型和突變型樣品加入到制備孔內(nèi)。在低變性劑濃度時,DNA 片段為雙鏈,但當(dāng)濃度增加時雙鏈DNA 開始熔解,形成分枝分子。到濃度非常高時,DNA 片段可熔解形成2條單鏈。