凝膠電泳也稱膠體電泳，用于分離不同物理性質(zhì)。主要分為瓊脂糖凝膠電泳和聚丙烯酰胺凝膠電泳。凝膠電泳通常用于分離分析，也可以作為制備技術，在采用某些方法（如質(zhì)譜(MS)、聚合酶鏈式反應(PCR)、克隆技術、DNA測序或者免疫印跡）檢測之前部分提純分子。

當一種分子被放置在電場當中時，它們就會以一定的速度移向適當?shù)碾姌O，這種電泳分子在電場作用下的遷移速度，叫做電泳的遷移率。它同電場的強度和電泳分子本身所攜帶的凈電荷數(shù)成正比。也就是說，電場強度越大、電泳分子所攜帶的凈電荷數(shù)量越多，其遷移的速度也就越快，反之則較慢。

由于在電泳中使用了一種無反應活性的穩(wěn)定的支持介質(zhì)，如瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺膠等，從而降低了對流運動，故電泳的遷移率又是同分子的摩擦系數(shù)成反比的。已知摩擦系數(shù)是分子的大小、極性及介質(zhì)粘度的函數(shù)，因此根據(jù)分子大小的不同、構成或形狀的差異，以及所帶的凈電荷的多少，便可以通過電泳將蛋白質(zhì)或核酸分子混合物中的各種成分彼此分離開來。

在生理條件下，核酸分子的糖-磷酸骨架中的磷酸基團呈離子狀態(tài)，從這種意義上講，DNA和RNA多核苷酸鏈可叫做多聚陰離子(Polyanions)。因此，當核酸分子被放置在電場中時，它們就會向正電極的方向遷移。由于糖-磷酸骨架結(jié)構上的重復性質(zhì)，相同數(shù)量的雙鏈DNA幾乎具有等量的凈電荷，因而它們能以同樣的速度向正電極方向遷移。在一定的電場強度下，DNA分子的這種遷移速度，亦即電泳的遷移率，取決于核酸分子本身的大小和構型，分子量較小的DNA分子比分子量較大的DNA分子遷移要快些。

凝膠電泳種類有：瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、二維凝膠電泳、變性凝膠電泳、脈沖電場凝膠電泳等

瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂或瓊脂糖作支持介質(zhì)的一種電泳方法。對于分子量較大的樣品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔徑較大的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。其分析原理與其他支持物電泳最主要區(qū)別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。

瓊脂糖凝膠具有網(wǎng)絡結(jié)構，物質(zhì)分子通過時會受到阻力，大分子物質(zhì)在涌動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質(zhì)和數(shù)量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。但由于其孔徑相比于蛋白質(zhì)太大，對大多數(shù)蛋白質(zhì)來說其分子篩效應微不足道，現(xiàn)廣泛應用于核酸的研究中。

聚丙烯酰胺凝膠電泳技術是指聚丙烯酰胺凝膠由丙烯酰胺(簡稱Acr)和交聯(lián)劑N，N 一亞甲基雙丙烯酰胺(簡稱Bis)在催化劑過硫酸銨(APS)，N，N，N ，N 四甲基乙二胺(TEMED)作用下，聚合交聯(lián)形成的具有網(wǎng)狀立體結(jié)構的凝膠，并以此為支持物進行電泳。

聚丙烯酰胺凝膠電泳技術可根據(jù)不同蛋白質(zhì)分子所帶電荷的差異及分子大小的不同所產(chǎn)生的不同遷移率將蛋白質(zhì)分離成若干條區(qū)帶，如果分離純化的樣品中只含有同一種蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)樣品電泳后，就應只分離出一條區(qū)帶。SDS是一種陰離子表面活性劑能打斷蛋白質(zhì)的氫鍵和疏水鍵，并按一定的比例和蛋白質(zhì)分子結(jié)合成復合物。

二維凝膠電泳即雙向凝膠電泳，是由兩向電泳組成，第一向是以蛋白質(zhì)電荷差異為基礎進行分離的等電聚焦凝膠電泳，第二向是以蛋白質(zhì)分子量差異為基礎的SDS-聚丙烯酰氨凝膠電泳。它是蛋白質(zhì)組研究中最有效的分離技術。

雙向凝膠電泳技術最先是由O’Farrell于1975年所描述，其原理是在相互垂直的兩個方向上，分別基于蛋白質(zhì)不同的等電點和分子量，運用等電聚焦電泳和SDS一聚丙烯酰胺凝膠電泳把復雜的蛋白質(zhì)成分分離和展現(xiàn)在二維平面上。

其中等電聚焦凝膠電泳是依據(jù)蛋白質(zhì)分子的凈電荷或等電點進行分離的技術。

變性凝膠電泳是在凝膠中加入了尿素或甲酰胺等堿 性試劑制作的凝膠稱作變性凝膠，DNA樣品在變性凝膠中的電泳分離過程稱作變性凝膠電泳。變性凝膠電泳是在凝膠中加入了尿素或甲酰胺等堿性試劑制作的凝膠稱作變性凝膠，DNA樣品在變性凝膠中的電泳分離過程稱作變性凝膠電泳。在正常情況下，DNA分子是以雙鏈形式存在，在普通凝膠中，DNA分子由于核苷酸序列排列的內(nèi)部特征，岈能具有不同的空間構型，使得M分子產(chǎn)生不同的遷移率，出現(xiàn)諸如“影子帶”等異常譜帶，影響結(jié)果的判定。

在脈沖電場中，DNA分子的遷移方向隨著電場方向的周期性變化而不斷改變。在標準的PFGE中，第一個脈沖的電場方向在另一側(cè)成45°夾角。由于瓊脂糖凝膠的電場方向、電流大小及作用時間都在交替變化，使得DNA分子能夠隨時調(diào)整其游動方向，以適應凝膠孔隙的無規(guī)則變化。與相對分子質(zhì)量較小的DNA相比，相對分子質(zhì)量較大的DNA需要更多的脈沖次數(shù)來更換其構型和方位，使其按新的方向游動。應用脈沖電場凝膠電泳技術，可成功分離到高達107bp的DNA大分子。

1、用 1× TAE 電泳緩沖液制作瓊脂糖凝膠，加 1× TAE 電泳緩沖液至液面覆蓋凝膠。

2、在超凈工作臺上，用移液器吸取總 RNA 樣品 4μl 于封口膜上。在實驗臺上再加入 5μl 1×TAE 電泳緩沖液 及 1μl 的 10X 載樣緩沖液，混勻后，小心加入點樣孔。

3、打開電源開關，調(diào)節(jié)電壓至 100V，使 RNA 由負極向正極電泳，約 30min 后將凝膠放入 EB 染液中染色 5min,用清水稍微漂洗。在紫外透射檢測儀上觀察 RNA 電泳結(jié)果。 

4、切膠時盡可能切掉不含DNA片段的凝膠；

5、注意DNA酶污染的儀器可能會降解DNA，造成條帶信號弱、模糊甚至缺失的現(xiàn)象。 

6、要盡量減少DNA在紫外下的照射時間以減少對DNA的損傷；