蛋白質(zhì)印記，和薩瑟恩印跡(Southernblot)轉(zhuǎn)移的操作順序相類似，這里指的是在從聚丙烯酰胺凝膠上往一種合適的固定基質(zhì)上轉(zhuǎn)移蛋白質(zhì)。

到目前為止，作為標記的二抗能夠通過直接購買結(jié)合各種標記物的抗特定IgG的抗體獲得。酶連的二抗便是最常用的一種，使用酶連的二抗對印跡進行處理后，再使用底物溶液進行適當?shù)奶幚?。當有顏色的產(chǎn)物由酶純化底物生成時，就會有可見的區(qū)帶產(chǎn)生，將所要研究的蛋白質(zhì)的位置指示出來。辣根過氧化物酶或堿性磷酸酶一般作為酶連抗體中使用的酶。辣根過氧化物酶能夠?qū)2O2作為底物，使得4-氯萘酚被氧化成藍色產(chǎn)物或者3-氨基-9-乙基咔唑被氧化成褐色產(chǎn)物。堿性磷酸酶能夠使得無色的底物5-溴-4-氯吲哚磷酸鹽（BCIP）被轉(zhuǎn)化為藍色的產(chǎn)物。增強化學發(fā)光法為對辣根過氧化物酶進行檢測的另外一種方法。在存在H2O2的時候，辣根過氧化物酶使得化學發(fā)光物質(zhì)魯米諾（luminol，氨基苯二酰一肼）氧化并且發(fā)光，如果存在化學增強劑，那么能夠?qū)⒐鈴姸仍龃?000倍，若想要對辣根過氧化物酶的存在進行檢測，可以在照相底片上放置印跡感光即可。

不僅可以使用酶連二抗作為指示劑，而且其它指示劑也能夠使用。分別為如下這些。

1、金標記的二抗：

利用微小的金顆粒對二抗進行包裹，之后和一抗結(jié)合時，會有紅色被表現(xiàn)出來。

2、生物素結(jié)合的二抗：

使用生物素結(jié)合的二抗對印跡進行處理后，然后再使用辣根過氧化物酶或堿性磷酸酶標記的凝集素處理。生物素能夠和凝集素緊密結(jié)合，這種方法事實上與二抗與酶連是通過生物素與凝集素的緊密結(jié)合連接的相類似，檢測可以利用酶的顯色反應。生物素為一個小分子蛋白，一個抗體上既能夠和多個酶連接的凝集素相結(jié)合，又能夠和多個生物素相結(jié)合，能夠使得顯色反應的信號大大地增強。

3、I125標記的二抗：

能夠利用放射性自顯影進行檢測。

4、熒光素異硫氰酸鹽標記的二抗：

能夠利用在紫外燈下有熒光產(chǎn)生來檢測。

5、I125標記金黃色葡萄球菌蛋白A（ProteinA）：

ProteinA能夠和IgG的Fc區(qū)特異性的結(jié)合，所用二抗能夠使用ProteinA來代替，I125標記的ProteinA利用放射性自顯影進行檢測。

對于測印跡中的DNA結(jié)合蛋白的檢測，不但能夠使用抗體或蛋白作為檢測特定蛋白的探針，而且還能夠使用如放射性標記的DNA等其它探針。