文章導(dǎo)讀
檢測宮頸惡性上皮瘤病變(CIN)是宮頸癌(CC)篩查最成功的癌癥預(yù)防方法。然而,目前宮頸癌篩查的準(zhǔn)確性很低?,F(xiàn)有研究發(fā)現(xiàn),外泌體中含有大量遺傳分子,如miRNA,環(huán)狀RNA,LncRNA,mRNA等,它是細(xì)胞間傳遞信息的穩(wěn)定和有效的媒介。鑒于此,作者帶領(lǐng)他的團(tuán)隊,開發(fā)一種更精確且不需要侵入性的外泌體miRNA檢測方法,該成果于2019年4月2日,發(fā)表在了Molecular Cancer雜志(IF=10.679)。作者從121例健康志愿者、宮頸癌患者和CIN患者的血漿外泌體進(jìn)行miRNA測序,并識別候選的外泌體miRNA作為診斷生物標(biāo)志物。為了區(qū)分CIN II+(包括晚期CIN II患者)和CIN-(包括CIN I患者和健康志愿者)的患者,作者鑒定了8個顯著差異表達(dá)的外泌體miRNAs。其中,let-7d-3p和miR-30d-5p在宮頸腫瘤與鄰近正常組織之間存在顯著差異,并在203個血漿外泌體中得到了進(jìn)一步驗證,ROC曲線結(jié)果顯示二者可作為區(qū)分CIN+和CIN-的分子標(biāo)志物。本研究為臨床非侵入性疾病篩查提供了新的視角和方向。 文章信息
發(fā)表時間:2019年4月2日
發(fā)表雜志:Molecular Cancer
影響因子:10.679
測序樣本:121例健康志愿者、宮頸癌患者和CIN患者的血漿外泌體
實驗方法:外泌體miRNA測序 文章技術(shù)路線 文章解析
第一步:對臨床疾病宮頸癌患者樣本準(zhǔn)確性進(jìn)行分類及驗證(臨床樣品收集) A:本研究中的患者人數(shù)。B:本研究收集的所有患者樣本細(xì)胞學(xué)檢測的準(zhǔn)確性。C:研究中所有患者活檢結(jié)果的準(zhǔn)確性。
第二步:進(jìn)行外泌體miRNA測序,篩選差異外泌體miRNA(進(jìn)行測序篩選差異)
樣本:血漿外泌體102例,包括23例健康志愿者,5例CIN I病人,59例CIN II-III,21例SCC(宮頸鱗狀細(xì)胞癌)病人,13例ACC(?腺癌)病人
不同組中差異外泌體miRNA的測序結(jié)果展示 第三步:生信分析(多方向生信分析)
A:差異miRNA的維恩圖解。B:61個差異外泌體RNA的主成分分析。C:61個差異外泌體RNA聚類分析。D:顯著差異的前8個外泌體miRNAs的主成分分析。E:顯著差異的前8個外泌體miRNAs的聚類分析。F:顯著差異的前8個外泌體miRNA的ROC曲線分析。G:4個下調(diào)外泌體miRNA的ROC曲線。F:4個上調(diào)外泌體miRNA的ROC曲線。(G和F中外泌體miRNA表達(dá)水平量化為來自測序數(shù)據(jù)的RPM值)。I:外泌體miRNA靶基因的生物功能富集。J:miRNA-靶基因網(wǎng)絡(luò)圖。 第四步:縮小并擴(kuò)大樣本量驗證差異驗證差異外泌體miRNA(擴(kuò)大樣本量驗證,并進(jìn)行臨床ROC分析)
(1)在46對宮頸癌組織和癌旁組織中,qPCR進(jìn)一步確定候選差異外泌體miRNA的表達(dá),與外泌體樣本中趨勢一致:其中5個miRNA顯著差異表達(dá) (let-7a-3p, let-7d-3p, miR-30d-5p, miR-183-5p, and miR-182-5p) A:4個在測序結(jié)果中下調(diào)的miRNA。B:4個在測序結(jié)果中上調(diào)的miRNA (2)擴(kuò)大樣本量驗證并進(jìn)行ROC曲線分析
203個血漿樣本,包括50個健康人、34 CIN I病人、56 CIN II-III病人、63 CC病人。 A:let-7d-3p的ROC曲線分析。B:miR-30d-5p的ROC曲線分析。C:let-7d-3p和miR-30d-5p PCR和測序數(shù)據(jù)的ROC分析。D:let-7d-3p和miR-30d-5p的細(xì)胞學(xué)檢測結(jié)果的ROC分析。 文章總結(jié)
本文已鑒定的外泌體miR-30d-5p和let-7d-3p是宮頸癌及無創(chuàng)篩查有價值的診斷生物標(biāo)志物。與TCT或巴氏涂片檢查相比,抽血更方便,而且陰道/子宮頸感染的風(fēng)險更低。它也可以用于常規(guī)血液檢測,這大大減少了患者和臨床醫(yī)生的檢測時間。此外,這些血漿外泌體中的miRNA是穩(wěn)定的,并且對物理降解具有抵抗能力,這使得它們成為篩查宮頸癌的有希望的診斷生物標(biāo)志物。然而,在應(yīng)用于臨床診斷之前,還需要進(jìn)一步使用大樣本進(jìn)行驗證。對這些miRNA的功能研究可以為其在宮頸癌進(jìn)展中的機(jī)制和生理相關(guān)性提供新的見解。 文章鏈接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6446401/ 外泌體相關(guān)科研服務(wù):
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云序提供外泌體測序服務(wù)
云序提供生信分析服務(wù) 云序生物外泌體相關(guān)產(chǎn)品
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址:上海市松江區(qū)莘磚公路 518 號 20 號樓 3 樓
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網(wǎng)址:www.cloud-seq.com.cn
郵箱:market@cloud-seq.com.cn
檢測宮頸惡性上皮瘤病變(CIN)是宮頸癌(CC)篩查最成功的癌癥預(yù)防方法。然而,目前宮頸癌篩查的準(zhǔn)確性很低?,F(xiàn)有研究發(fā)現(xiàn),外泌體中含有大量遺傳分子,如miRNA,環(huán)狀RNA,LncRNA,mRNA等,它是細(xì)胞間傳遞信息的穩(wěn)定和有效的媒介。鑒于此,作者帶領(lǐng)他的團(tuán)隊,開發(fā)一種更精確且不需要侵入性的外泌體miRNA檢測方法,該成果于2019年4月2日,發(fā)表在了Molecular Cancer雜志(IF=10.679)。作者從121例健康志愿者、宮頸癌患者和CIN患者的血漿外泌體進(jìn)行miRNA測序,并識別候選的外泌體miRNA作為診斷生物標(biāo)志物。為了區(qū)分CIN II+(包括晚期CIN II患者)和CIN-(包括CIN I患者和健康志愿者)的患者,作者鑒定了8個顯著差異表達(dá)的外泌體miRNAs。其中,let-7d-3p和miR-30d-5p在宮頸腫瘤與鄰近正常組織之間存在顯著差異,并在203個血漿外泌體中得到了進(jìn)一步驗證,ROC曲線結(jié)果顯示二者可作為區(qū)分CIN+和CIN-的分子標(biāo)志物。本研究為臨床非侵入性疾病篩查提供了新的視角和方向。 文章信息
發(fā)表時間:2019年4月2日
發(fā)表雜志:Molecular Cancer
影響因子:10.679
測序樣本:121例健康志愿者、宮頸癌患者和CIN患者的血漿外泌體
實驗方法:外泌體miRNA測序 文章技術(shù)路線 文章解析
第一步:對臨床疾病宮頸癌患者樣本準(zhǔn)確性進(jìn)行分類及驗證(臨床樣品收集) A:本研究中的患者人數(shù)。B:本研究收集的所有患者樣本細(xì)胞學(xué)檢測的準(zhǔn)確性。C:研究中所有患者活檢結(jié)果的準(zhǔn)確性。
第二步:進(jìn)行外泌體miRNA測序,篩選差異外泌體miRNA(進(jìn)行測序篩選差異)
樣本:血漿外泌體102例,包括23例健康志愿者,5例CIN I病人,59例CIN II-III,21例SCC(宮頸鱗狀細(xì)胞癌)病人,13例ACC(?腺癌)病人
不同組中差異外泌體miRNA的測序結(jié)果展示 第三步:生信分析(多方向生信分析)
A:差異miRNA的維恩圖解。B:61個差異外泌體RNA的主成分分析。C:61個差異外泌體RNA聚類分析。D:顯著差異的前8個外泌體miRNAs的主成分分析。E:顯著差異的前8個外泌體miRNAs的聚類分析。F:顯著差異的前8個外泌體miRNA的ROC曲線分析。G:4個下調(diào)外泌體miRNA的ROC曲線。F:4個上調(diào)外泌體miRNA的ROC曲線。(G和F中外泌體miRNA表達(dá)水平量化為來自測序數(shù)據(jù)的RPM值)。I:外泌體miRNA靶基因的生物功能富集。J:miRNA-靶基因網(wǎng)絡(luò)圖。 第四步:縮小并擴(kuò)大樣本量驗證差異驗證差異外泌體miRNA(擴(kuò)大樣本量驗證,并進(jìn)行臨床ROC分析)
(1)在46對宮頸癌組織和癌旁組織中,qPCR進(jìn)一步確定候選差異外泌體miRNA的表達(dá),與外泌體樣本中趨勢一致:其中5個miRNA顯著差異表達(dá) (let-7a-3p, let-7d-3p, miR-30d-5p, miR-183-5p, and miR-182-5p) A:4個在測序結(jié)果中下調(diào)的miRNA。B:4個在測序結(jié)果中上調(diào)的miRNA (2)擴(kuò)大樣本量驗證并進(jìn)行ROC曲線分析
203個血漿樣本,包括50個健康人、34 CIN I病人、56 CIN II-III病人、63 CC病人。 A:let-7d-3p的ROC曲線分析。B:miR-30d-5p的ROC曲線分析。C:let-7d-3p和miR-30d-5p PCR和測序數(shù)據(jù)的ROC分析。D:let-7d-3p和miR-30d-5p的細(xì)胞學(xué)檢測結(jié)果的ROC分析。 文章總結(jié)
本文已鑒定的外泌體miR-30d-5p和let-7d-3p是宮頸癌及無創(chuàng)篩查有價值的診斷生物標(biāo)志物。與TCT或巴氏涂片檢查相比,抽血更方便,而且陰道/子宮頸感染的風(fēng)險更低。它也可以用于常規(guī)血液檢測,這大大減少了患者和臨床醫(yī)生的檢測時間。此外,這些血漿外泌體中的miRNA是穩(wěn)定的,并且對物理降解具有抵抗能力,這使得它們成為篩查宮頸癌的有希望的診斷生物標(biāo)志物。然而,在應(yīng)用于臨床診斷之前,還需要進(jìn)一步使用大樣本進(jìn)行驗證。對這些miRNA的功能研究可以為其在宮頸癌進(jìn)展中的機(jī)制和生理相關(guān)性提供新的見解。 文章鏈接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6446401/ 外泌體相關(guān)科研服務(wù):
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