近日在第15屆美國人類蛋白質組學年會上，布魯克宣布了Evosep One低流速色譜與timsTOF Pro液質聯用系統(tǒng)在高靈敏度、高通量血漿蛋白質組學方面取得的進展。布魯克還重點介紹了PEAKS，Protein Metrics和MaxQuant 4D蛋白質組學軟件的特色，這些軟件支持使用大規(guī)模精確碰撞截面（CCS）值進行常規(guī)采集和信息提取。

timsTOF Pro具有獨特的PASEF功能，可以進行高通量和超高靈敏度采集離子淌度信息，從而實現精確碰撞截面的大規(guī)模計算。在PEAKS Studio軟件采用了新型的4D算法，這使192例膿毒性休克患者血漿樣本中可進行定量的蛋白數量顯著提高，檢測速度為100個樣本/天。

專家解讀

英國牛津大學納菲爾德醫(yī)學部蛋白質組學的項目負責人Roman Fischer博士說：“TIMS啟用的4D特征匹配功能，可顯著提高微量血漿樣本11.5分鐘LC-MS/MS的定量蛋白數目。采用短梯度分離100ng血漿肽段，192例患者共定量772個血漿蛋白，其中66%的鑒定蛋白覆蓋了血漿蛋白總質量的10%。這表明該方法可以覆蓋足夠的深度來發(fā)現低豐度的生物標記物。timsTOF Pro對蛋白鑒定的深度覆蓋和快速檢測，促進血漿生物標志物的發(fā)現，為分析數百到數千個樣本的大樣本群組提供了全新的可能性?！?/p>

布魯克·道爾頓蛋白質組學副總裁Gary Kruppa博士評論說：“實現更高蛋白質組學深度的常見做法是樣品預分餾。然而，這導致測量時間延長，通常采用多重標記或化學標記來補償。盡管同位素標記法原則上看起來很有吸引力，但它們會受到定量比率失真的影響，這可能會使低豐度蛋白質的定量偏斜或受損。timsTOF Pro獨有的非標定量方法結合了短LC梯度和4D匹配的高選擇性，提供了一種引人注目的替代方案，可應用于高通量蛋白質組學中的數千個樣品的快速檢測?！?/p>

美國HUPO 2019展示的主要新軟件研發(fā)，包括為timsTOF Pro發(fā)布的PEAKS On-line，這是一款可在集群或多CPU計算機上并行化運行的服務器軟件。與timsTOF Pro采集軟件中新的去噪算法相結合，可將數據文件大小減少5倍至10倍，并且不會出現任何明顯的肽段信息丟失，PEAKS Online的可擴展性能可促進最先進的高通量蛋白質組學實驗的數據分析。

Protein Metrics Inc（PMI）還為其Byonic數據庫搜索算法添加了肽段CCS支持，該算法被制藥和生物制藥科學家廣泛接受用于宿主細胞殘留蛋白和其他的生物表征和發(fā)現工作流程。Protein Metrics Inc總裁兼首席執(zhí)行官EricCarlson博士表示：“我們很高興能夠為客戶提供timsTOF Pro和PASEF數據的軟件分析。尤其是針對二硫鍵、糖和宿主細胞殘留蛋白的分析等應用，將離子淌度和CCS數據作為第四維分離的能力，將為蛋白質樣品提供更深入的見解，從而推動藥物的發(fā)現和開發(fā)。”