LC-MS/MS作為蛋白組學(xué)分析的主要手段，所分析的樣品分子過于微小肉眼不可見，需要借助色譜圖、質(zhì)譜圖判斷其表現(xiàn)，但你看到文章里的質(zhì)譜圖是否感覺迷惑不解，甚至色譜圖和質(zhì)譜圖傻傻分不清呢?文章返修編審讓補充的有注釋信息的二級質(zhì)譜圖究竟是個什么東東?今天小編帶你一起解密。

　　我們常說的圖譜分為兩類，色譜圖與質(zhì)譜圖。色譜圖評價的是母離子在色譜上的表現(xiàn)，質(zhì)譜圖則是一級母離子和二級碎片子離子在質(zhì)譜里的信號表現(xiàn)。這里小編跟你分享一個區(qū)分兩種圖譜的秘密，那便是看橫坐標(biāo)，橫坐標(biāo)是時間軸的為色譜圖，橫坐標(biāo)是質(zhì)荷比的那就是質(zhì)譜圖了，不管色譜圖還是質(zhì)譜圖，縱坐標(biāo)都是信號強度!

　　常見的色譜圖有Basepeak圖、TIC圖、XIC圖;質(zhì)譜圖經(jīng)常提到的是一級質(zhì)譜圖，二級質(zhì)譜圖，b,y離子匹配圖(有注釋信息的二級質(zhì)譜圖)，下面我們逐一看過來。

　　【色譜圖】

　　Basepeak 圖：

　　看到上圖，做過LC-MS/MS實驗的童鞋是不是有一種似曾相識的感覺?你肯定在哪里見過。

　　Basepeak圖是色譜分離過程中將每個時間點質(zhì)譜檢測信號最強的肽段的強度值連續(xù)描繪得到的圖譜。圖中峰多信號強說明樣品復(fù)雜度高量也足。由于上機的樣品是蛋白質(zhì)酶解后的肽段，所以如果你要問小編能否將鑒定到的蛋白質(zhì)在basepeak圖上標(biāo)出來，答案是不能!!!

　　TIC圖：

　　全稱為Total ion chromatogram，即總離子流圖，相比Basepeak圖是用每個時間點質(zhì)譜信號強度最高的母離子繪制的圖譜，TIC是樣品中所有離子的色譜圖。

　　XIC圖：

　　全稱是Extracted ion chromatogram，即提取離子流色譜圖,為某個特定母離子的色譜圖，XIC圖的峰面積可以用于蛋白定量分析。

　　【質(zhì)譜圖】

　　一級質(zhì)譜圖是一次質(zhì)譜全掃描內(nèi)所有母離子的信號分布圖，二級質(zhì)譜圖是特定母離子在高能碎裂后產(chǎn)生的二級離子的信號分布圖，樣品經(jīng)質(zhì)譜鑒定后生成的質(zhì)譜文件實質(zhì)是數(shù)萬張一級質(zhì)譜圖和二級質(zhì)譜圖的疊加。

　　原始二級質(zhì)譜圖，如下圖(m/z=377.54)，為實際檢測到的二級離子的質(zhì)荷比的分布圖，只有一個個孤獨的峰，代表一個個孤單的子離子，沒有歸屬，只有將其大小與宗氏族譜(理論的肽段序列碎裂后生成的二級離子分布)匹配后，方能知道其名姓(肽段序列)。匹配后的圖就是文章里提到的有注釋信息的二級圖，也叫做b,y離子匹配圖。修飾組學(xué)及一段肽的蛋白發(fā)文章時可能會被要求提供b,y離子匹配圖。

　　B,y離子匹配圖

　　將實際檢測到的二級離子的質(zhì)荷比分布與肽段序列斷裂后理論形成的子離子匹配后的圖譜。

　　肽段在能量作用下斷裂后會生成一個個b,y離子對。左面的碎片為b離子，右邊的碎片為y離子，以上圖為例，KTQAASVEAVK理論生成的b,y離子對為：

　　第一個氨基酸與第二個氨基酸中間斷開(K|TQAASVEAVK)，則生成b1=K(從左往右數(shù)1)，y10=TQAASVEAVK(從右往左數(shù)10);

　　第二個與第三個氨基酸中間斷開(KT|QAASVEAVK)，生成b2=KT,y9= QAASVEAVK;其他位置斷開，依次類推……。

　　本肽段中如果第一個氨基酸K上發(fā)生了泛素化修飾(已經(jīng)標(biāo)紅)，我們應(yīng)該如何找出該位點被修飾的證據(jù)呢?請往下看。(哎哎繼續(xù)往下看，別走神兒!)

　　肽段碎裂后檢測的b3(KTQ),b4(KTQA)離子可能帶有修飾集團(tuán)，以b3為例，如果K上發(fā)生修飾，則b3的分子量應(yīng)該比不帶修飾的b3(KTQ)理論分子量(376.22-18.01(QA連接是脫了水的)=358.21)多一個修飾集團(tuán)glygly-的分子量(114.04)，即=358.21+114.04=472.25，而我們檢測到的b3離子的分子量剛好為472.25，說明b3(KTQ)離子攜帶了泛素化修飾集團(tuán).因泛素化常發(fā)生在K上，推測應(yīng)為K發(fā)生了泛素化修飾。