離子阱早在50年代末它就被應(yīng)用于改進(jìn)光譜測量的準(zhǔn)確度，它的原理十分簡單：利用電荷與電磁場間的交互作用力來牽制帶電粒子的運動，以達(dá)到將其局限在某個小范圍內(nèi)的目的。

   離子阱，由一對環(huán)形電極和兩個呈雙曲面形的端蓋電極組成。在環(huán)形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的高值，離子進(jìn)入不穩(wěn)定區(qū)，由端蓋極上的小孔排出。因此，當(dāng)射頻電壓的高值逐漸增高時，質(zhì)荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質(zhì)譜圖。離子阱質(zhì)譜可以很方便地進(jìn)行多級質(zhì)譜分析，對于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的鑒定非常有用。這種由一對環(huán)電極和兩個雙曲面端電極形成的離子阱稱為三維離子阱，離子聚焦的位置是在中心的一個點上，具有比較大的空間電荷效應(yīng)，常規(guī)的三維離子阱的離子存儲數(shù)目為幾千個。
   為了避免空間電荷效應(yīng)和簡化電極結(jié)構(gòu)，后來人們使用四級桿的結(jié)構(gòu)加入前后端蓋的方式開發(fā)出線型離子阱，線型離子阱的離子聚焦在一條線上面，與三維離子阱相比，增加了離子的儲存量，提高了儀器的靈敏度。線型離子阱有被稱為二位離子阱。

   離子阱的定性問題：空間電荷效應(yīng)是離子阱一切問題的根源。不管什么樣的離子阱，不管怎么去控制阱里面的離子數(shù)量，這個效應(yīng)一直存在。離子互相碰撞會產(chǎn)生離子反應(yīng)，離子反應(yīng)的結(jié)果導(dǎo)致：
 （1）創(chuàng)造出樣品中不存在的離子，給定性帶來大大的困擾，專業(yè)術(shù)語叫 鬼峰（ghost peak） 。
 （2）譜庫檢索匹配度低，質(zhì)譜的定性依賴于譜庫檢索，所謂匹配度低，是指離子阱的譜圖和標(biāo)準(zhǔn)譜庫中的譜圖相似性低，比較難確定被測物到底是不是譜庫中那個東西。舉個例子，現(xiàn)在人臉識別的準(zhǔn)確度很高，但是如果拍出來的照片是糊的或者五官變形的，當(dāng)然就識別不出來或者會張冠李戴。譜庫檢索匹配度低的原因：存在鬼峰、碎片離子強(qiáng)度比例畸變等。
 （3）定性結(jié)果不穩(wěn)定，據(jù)用戶反映，離子阱氣質(zhì)聯(lián)用如果進(jìn)樣量不同，或者樣品的前處理方法不同（如用不同的溶劑萃?。?，出來的碎片譜圖可能會不一樣。