LexA酵母雙雜交系統(tǒng)簡介一、LexA酵母雙雜交系統(tǒng)的設(shè)計原理報告質(zhì)粒p8op-LacZ的GAL4UAS編碼序列被完全去除,因此在缺乏LexA融合激活劑的情況下,報告基因LacZ的轉(zhuǎn)錄活性為零,該基因的篩選標(biāo)志為URA3,可以作為有自主復(fù)制能力的質(zhì)粒存在于酵母EGY48菌株中,也可以被整合到EGY48基因組DNA上。質(zhì)粒pLexA的篩選標(biāo)志為HIS3,在雙雜交系統(tǒng)中用于表達(dá)DNA-BD(202個氨基酸殘基組成的LexA蛋白)與目標(biāo)蛋白(釣餌,Bait)的融合蛋白,該融合體的表達(dá)受酵母強啟動子ADH1的調(diào)控,選擇與報告基因的操縱子LexA×8結(jié)合。質(zhì)粒pB42AD的篩選標(biāo)志為TRP1,在其供外源基因插入的多克隆位點(EcoRI與XhoI)上游,含有SV40核定位(SV40nuclearlocalization)、HA(血凝素)及AD(來自于E.coli的88個氨基酸殘基組成的B42蛋白)等幾種編碼序列,共同組成可以啟動報告基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的激活成份。在酵母EGY48的基因組中還整合有另一個報告基因Leu,它與LacZ報告基因具有相同的操縱子-LexA,但兩者啟動子不同。根據(jù)雙雜交系統(tǒng)的原理,如果某一復(fù)合物同時具有DNA-BD和AD的活性,即可激活報告基因的轉(zhuǎn)錄和表達(dá)。分別將待測蛋白X、Y的編碼序列插入pLexA質(zhì)粒載體和pB42AD質(zhì)粒載體的多克隆位點中,然后共同轉(zhuǎn)入含有報告基因的酵母菌株,如果蛋白X與Y能相互作用,則啟動報告基因的轉(zhuǎn)錄和表達(dá),通過檢測報告基因的表達(dá)情況,就可以間接反映蛋白X、Y是否具有相互作用以及作用的強弱。如果將蛋白Y換為取自組織或血液的cDNA文庫,則可用X從該文庫中篩選出能與其相互作用的蛋白,并且可以獲得編碼這些蛋白的cDNA。二、商品化酵母雙雜交系統(tǒng)的組成1.載體質(zhì)粒:pLexA、pB42AD、p8op-LacZ、pB42AD-DNA文庫2.酵母菌株:EGY48、EGY48(p8op-LacZ)、YM4271(EGY48的伴侶菌株)3.大腸桿菌菌株:E.coliKC8株4.對照質(zhì)粒:質(zhì)粒用途pLexA-53,pB42AD-T陽性對照pLexA-Pos(LexA/GAL4AD融合蛋白〕陽性對照pLexA-Lam(LaminC蛋白少與其它蛋白相互作用)假陽性檢測質(zhì)粒5.引物:pLexA測序引物及pB42AD測序引物。三、酵母雙雜交實驗的基本流程1.將報告基因p8op-LacZ轉(zhuǎn)化酵母EGY48菌株,用培養(yǎng)基SD/-Ura篩選。2.同時構(gòu)建或擴增DNA文庫,并純化足夠的質(zhì)粒以轉(zhuǎn)化酵母細(xì)胞。3.構(gòu)建DNA-BD/靶蛋白質(zhì)粒pLexA-X,作為釣餌(bait)。4.將上述釣餌質(zhì)粒pLexA-X轉(zhuǎn)化EGY48(p8op-LacZ)細(xì)胞株,用SD/-His/-Ura篩選;并用固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基SD/Gal/Raf/-His/-Ura檢測此DNA-BD/靶蛋白是否具有直接激活報告基因的活性,以及對酵母細(xì)胞是否具有殺傷毒性。轉(zhuǎn)化質(zhì)粒選擇培養(yǎng)基克隆生長情況說明(含有Gal/Raf)pLexA-PosSD/-His,-Ura藍(lán)陽性對照pLexASD/-His,-Ura白陰性對照PlexA-XSD/-His,-Ura白沒有直接激活活性PlexA-XSD/-His,-Ura藍(lán)具有直接激活活性PlexA-XSD/-His,-Ura菌落不能生長酵母細(xì)胞毒性4-1.如果pLexA-X-半乳糖苷酶的信號作用。b能夠自動激活報告基因,則設(shè)法去除其激活活性部位、或者將LacZ報告基因整合入基因組,減少4-2.如果pLexA-X雖然不會自動激活報告基因,但對酵母宿主細(xì)胞有毒性,則需要與純化的文庫DNA同時轉(zhuǎn)化酵母。5.如果pLexA-X既不會自動激活報告基因,也不具有毒性,則可以與純化的文庫DNA同時、或順序轉(zhuǎn)化酵母細(xì)胞,并檢測質(zhì)粒轉(zhuǎn)化效率。轉(zhuǎn)化質(zhì)粒SD固體培養(yǎng)基LacZ表型對照1pLexA-PosGal/Raf/-His/-Ura藍(lán)對照2pLexA-53Gal/Raf/-His/-Trp/-Ura/-Leu藍(lán)+pB42AD-T實驗pLexA-XGal/Raf/-His/-Trp/-Ura/-Leu待測+pB42AD-文庫5-1.用SD/-His/-Trp/-Ura培養(yǎng)基選擇陽性共轉(zhuǎn)化子,并擴增,使宿主細(xì)胞中的質(zhì)粒在誘導(dǎo)前達(dá)到最大拷貝數(shù)。-半乳糖苷酶無表達(dá)。b5-2.上述重組子轉(zhuǎn)至含X-gal的固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基SD/Gal/Raf/-His/-Trp/-Ura/-Leu,觀察LacZ及Leu報告基因的表達(dá)情形,藍(lán)色克隆即為陽性。白色克隆為假陽性,說明Leu雖有表達(dá),但5-3.同時用LacZ、Leu兩個報告基因的目的,是為了盡可能消除實驗的假陽性誤差,譬如:AD融合蛋白不與目標(biāo)蛋白結(jié)合,而直接與啟動子序列結(jié)合域結(jié)合等情況。由于2個報告基因的啟動子不同,出現(xiàn)上述假陽性的幾率就大大減少了。5-4.將藍(lán)色陽性克隆進(jìn)行1次以上的劃種,盡可能分離克隆中的多種文庫質(zhì)粒。6.陽性克隆的篩選6-1.隨機選取50個陽性克隆,擴增、抽提酵母質(zhì)粒,電轉(zhuǎn)化E.coliKC8宿主菌,抽提大腸桿菌中的質(zhì)粒,酶切鑒定是否具有插入片段及排除相同的文庫質(zhì)粒。6-2.如果重復(fù)的插入序列較多,可另取50個陽性克隆來分析。最后得到數(shù)種片段大小不同的插入序列,再轉(zhuǎn)化新的宿主細(xì)胞,檢測是否仍為陽性克隆。7.用質(zhì)粒自然分選法(NaturalSegregation)篩除只含有AD-文庫雜合子的克隆7-1.將初步得到的陽性克隆接種SD/-Trp/-Ura液體培養(yǎng)基,培養(yǎng)1-2天,含有HIS3編碼序列的BD-靶質(zhì)粒在含有外源His培養(yǎng)基中,將以10%-20%左右的頻率隨機丟失。C孵育2-3天。°7-2.將上述克隆,轉(zhuǎn)鋪固體培養(yǎng)基SD/-Trp/-Ura,307-3.再挑取生長的單克隆,轉(zhuǎn)入SD/-Trp/-Ura和SD/-His/-Trp/-Ura培養(yǎng)基中,篩選His表型缺陷的克隆,即得到只含有AD-文庫雜合子的重組子。7-4.將His表型缺陷的克隆轉(zhuǎn)化固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基SD/Gal/Raf/-Trp/-Ura,以驗證AD-文庫能否直接激活報告基因的表達(dá),棄去陽性克隆,保留陰性克隆。8.酵母雜合試驗(YeastMating)確定真陽性克隆如下表所示,在酵母EGY48及其對應(yīng)的YM4271宿主細(xì)胞中分別轉(zhuǎn)入相應(yīng)的質(zhì)?;蛭膸霥NA,通過雜合實驗確篩選pLexA-靶DNA與pB42AD-文庫確實具有相互作用的真陽性克隆。質(zhì)粒1(inYM4271)質(zhì)粒2(inEGY48)LacZ表型Leu表型pLexApB42AD白不能生長pLexA-靶DNApB42AD白不能生長pLexApB42AD-文庫白不能生長pLexA-靶DNApB42AD-文庫藍(lán)真陽性pLexA-LampB42AD-文庫白不能生長9.陽性克隆的進(jìn)一步篩選和確證9-1.擴增初步確定的陽性克隆,抽提酵母DNA。該DNA為混合成份,既含有酵母基因組DNA,也含有3種轉(zhuǎn)化的質(zhì)粒DNA。9-2.將上述DNA電轉(zhuǎn)化E.coliKC8宿主菌。由于在大腸桿菌中,具有不同復(fù)制起始調(diào)控序列的質(zhì)粒不相容;同時利用營養(yǎng)缺陷型篩選。因此,在M9/SD/-Trp培養(yǎng)基上,只有含有AD-文庫質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化菌才能生長,將其擴增、并抽提質(zhì)粒DNA,酶切鑒定。9-3.用pLexA-靶DNA與pB42AD-庫DNA一一對應(yīng)、共轉(zhuǎn)化只含有報告基因的酵母菌EGY48中,先到SD/-His/-Trp/-Ura板擴增,并與后面的誘導(dǎo)板形成對照,說明報告基因的表達(dá)與誘導(dǎo)AD融合蛋白的表達(dá)有關(guān),再確證LacZ、Leu報告基因的表達(dá)。9-4.擴增與靶DNA相互作用的文庫DNA,進(jìn)行序列分析及進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)、功能研究。10.對雙雜交系統(tǒng)陽性結(jié)果的進(jìn)一步研究10-1.用不同的雙雜交系統(tǒng)驗證10-1-1.將載體pLexA與pB42AD互換后進(jìn)行雙雜交實驗。10-1-2.選擇不同的雙雜交系統(tǒng),如:以GAL4轉(zhuǎn)錄激活子為基礎(chǔ)的雙雜交系統(tǒng)。10-1-3.將文庫質(zhì)粒移碼突變后,再與靶質(zhì)粒作用,報告基因是否仍能被激活。-半乳糖苷酶水平,比較作用強度變化。b10-1-4.去除或突變特定結(jié)合位點,定量檢測10-2.用試劑盒提供的引物測定插入片段的DNA序列,證明其編碼區(qū)域。10-3.用其它的檢測方法,如:親和色譜法或免疫共沉淀法來證明雙雜交系統(tǒng)篩選的蛋白之間的具有相互作用。10-4.進(jìn)一步研究靶蛋白與篩選蛋白之間的功能關(guān)系構(gòu)建于AD載體的cDNA文庫的擴增1.自-80℃冰箱取出含有cDNA文庫的甘油菌,置于冰浴中緩慢化凍。2.用新鮮的LB培養(yǎng)液在1.5ml離心管中將上述甘油菌1:106和1:108稀釋。lml加入90m3.取稀釋菌液各1090mm);37℃倒置培養(yǎng)過夜或30℃培養(yǎng)24-36hr,計數(shù)平板上單克隆菌落數(shù)。fLB培養(yǎng)液在1.5ml離心管中振蕩混勻,涂布LB/Amp平板(4.確定待擴增的cDNA文庫滴度(cfu/ml)=克隆數(shù)×108(1:106稀釋)或克隆數(shù)×1010(1:108稀釋)。5.按照 150mm),共100塊;37℃倒置培養(yǎng)過夜。f2-4×104cfu/平板的濃度,涂布LB/Amp平板(6.在超凈工作臺上,在所有生長菌落的平板上加適量LB培養(yǎng)液,將菌落刮下,轉(zhuǎn)入2000mlLB/Amp培養(yǎng)液中,37℃振蕩培養(yǎng)2-4hr。7.留取適量培養(yǎng)菌液以50%無菌甘油稀釋至25%終濃度,分裝,保存于-80℃。8.其余培養(yǎng)菌液離心8000xg×10min,4℃收集細(xì)菌;用質(zhì)粒DNA純化試劑盒大量抽提質(zhì)粒DNA。LB液體培養(yǎng)基,121℃,15lb/in2滅菌15minA.bacto-Tryptone10.0gB.bacto-YeastExtract5.0gC.NaCl10.0gD.ddH2O→1000ml*LB固體培養(yǎng)平板為含有1.5%瓊脂(Agar)LB培養(yǎng)基。**LB/Amp培養(yǎng)基為含有Ampg/ml的LB培養(yǎng)基。m50-100構(gòu)建于AD載體的cDNA文庫的純化1.質(zhì)粒DNA提取緩沖液名稱緩沖液配方g/mlRNasemP1懸浮緩沖液50mMTris-HCl(pH8.0);10mMEDTA;100AP2裂解緩沖液200mMNaOH;1%SDSP3中和緩沖液3.0MKac(pH5.5)QBT平衡緩沖液750mMNaCl;50mMMOPS(pH7.0);15%異丙醇;0.15%TritonX-100QC洗滌緩沖液1.0MNaCl;50mMMOPS(pH7.0);15%異丙醇QF洗脫緩沖液1.25MNaCl;50mMTris-HCl(pH8.5);15%異丙醇2.培養(yǎng)菌液離心6000xg×10min,4℃,每500ml培養(yǎng)物(下同)的沉淀重懸于50mlP1緩沖液。3.加入50mlP2緩沖液,倒置4-6次混勻,室溫孵育5min。4.加入4℃預(yù)冷的50mlP3緩沖液,快速倒置4-6次混勻,冰浴30min(其間再倒置混勻4-6次)。5.將上述混合液再倒置混勻,離心12000xg×30min,4℃,保留上清。6.上清再離心12000xg×15min,4℃,留上清。7.將上清液上樣于經(jīng)35mlQBT緩沖液平衡的QIAGEN-tip層析柱。8.以100mlQC緩沖液洗滌層析柱2次。9.以35mlQF緩沖液洗脫吸附于層析柱上的DNA。10.以0.7倍體積異丙醇沉淀DNA,離心12500xg×30min,4℃,小心去除上清。11.以7ml70%乙醇洗滌沉淀DNA,離心12500xg×10min,4℃,小心去除上清。12.將沉淀的質(zhì)粒DNA溶于5mlTE(pH8.0)緩沖液,轉(zhuǎn)移至新的無菌離心管中,用2.5倍體積無水乙醇;1/10體積3.0MNaAc(pH5.2),于-20℃靜置過夜。13.離心12500xg×20min,4℃,去除上清,沉淀用70%乙醇洗滌,超凈臺風(fēng)干。l),保存于-20℃。mg/管(用于1次轉(zhuǎn)化反應(yīng),約40m14.干燥的DNA溶于適量體積TE,定量,分裝100-200構(gòu)建于DNA-BD載體的目的DNA轉(zhuǎn)化酵母感受態(tài)細(xì)胞1.將酵母菌EGY48(p8op-lacZ)接種于5.0mlSD/-Ura液體培養(yǎng)基中,緩振打散菌落,然后轉(zhuǎn)入95.0mlSD/-Ura液體培養(yǎng)基中,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)16-18hr,至OD600 1.0。SD/-Ura液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.DifcoNitrogen0.67gB.葡萄糖2.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlD.20×His5.0mlE.20×Leu5.0mlF.20×Trp5.0mlG.ddH2O→100.0ml2.將上述新鮮培養(yǎng)菌液接種于300mlYPD,至OD600=0.2-0.3(約50ml),30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)至OD600=0.4-0.5(約3hr)。YPD液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.Polypepton6.0gB.bacto-YeastExtract3.0gC.葡萄糖6.0gD.ddH2O→300ml3.室溫離心5000xg×5min,棄上清;加入15-25mlddH2O重懸洗滌沉淀酵母細(xì)胞,離心棄上清,沉淀用1×TE/LiAc重懸后,即為酵母感受態(tài)細(xì)胞。4.準(zhǔn)備下列試劑2×轉(zhuǎn)化反應(yīng)10×TE10×LiAc50%PEGddH2Olml/120ml15mA.1×TE/LiAc0.15ml15l/ml960ml120mB.PEG/LiAc1.20ml120lml//900mC.1×TE1.00ml1005.分裝待轉(zhuǎn)化的質(zhì)粒DNA,振蕩混勻。lmg)3-5mA.pLexA-X(0.1B.10mg/mllmSpermDNA*(0.1mg)10*新配制時水浴煮沸20min后,插入冰浴,保存于-20℃。l用1×TE/LiAc重懸的酵母感受態(tài)細(xì)胞,振蕩混勻。m6.每管加入100lm7.各加入600PEG/LiAc,振蕩混勻,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)30min。lm8.各加入70DMSO緩和倒置混勻。42℃熱休克15min,迅速插入冰浴。9.室溫離心13000xg×10sec,盡量棄上清;以0.3ml1×TE重懸沉淀細(xì)胞,涂布SD/-Ura,-His固體培養(yǎng)板,30℃倒置培養(yǎng)3-5天。SD/-Ura,-His固體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15min稍冷卻后鋪板A.DifcoNitrogen1.34gB.葡萄糖4.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)20.0mlD.20×Leu10.0mlE.20×Trp10.0mlF.Agar4.00gG.ddH2O90-100mm)f→200.0ml鋪8-10塊平板(附表1.不同規(guī)模轉(zhuǎn)化酵母感受態(tài)細(xì)胞SmallScale*LargeScaleLibraryScale轉(zhuǎn)化反應(yīng)2011(1)SD液體培養(yǎng)基擴增酵母菌100ml100ml300ml(2)YPD液體培養(yǎng)基擴增酵母菌300mla300mla1000mla(3)TE或ddH2O洗滌酵母細(xì)胞15mlc25-50mlb500mla(4)準(zhǔn)備A.1×TE/LiAc緩沖液1.5mld1.0mld8.0mlcB.PEG/LiAc緩沖液12.0mlc6.0mlc100.0mlbC.1×TE緩沖液6.0mlc10.0mlc10.0mlc(5)分裝A.DNA-BDvectorgd×20/0.2-1.0mgcm0.1gd0.1-0.5mgmg×2010-50mB.ADvector0.1C.l2.0mlml×20200mSpermDNA(10mg/ml)101×TE/LiAc重懸感受態(tài)細(xì)胞1.5mlc1.0mlc8.0mlbl×201.0ml8.0mlm酵母感受態(tài)細(xì)胞100(7)PEG/LiAc緩沖液0.6ml×206.0ml60.0mll7.0mlml×20700mDMSO70(9)室溫離心后棄上清13000xg×10sec2000xg×5min2000xg×5min(10)1×TE重懸感受態(tài)細(xì)胞0.3ml×206.0ml10.0ml150mm×50f150mm×30f90mm×20f鋪固體選擇培養(yǎng)基平板注:*即為“構(gòu)建于DNA-BD載體的目的DNA轉(zhuǎn)化酵母感受態(tài)細(xì)胞”**在不同容積的無菌離心管中進(jìn)行,a:300或500ml;b:50ml;c:15ml;d:1.5ml文庫cDNA轉(zhuǎn)化含有DNA-BD載體的酵母感受態(tài)細(xì)胞1.以生長于SD/-Ura,-His固體培養(yǎng)板上的含有構(gòu)建于DNA-BD載體的目的DNA及報告基因(p8op-lacZ)的酵母菌EGY48作為宿主菌,制備酵母感受態(tài)細(xì)胞。2.將酵母宿主菌接種于5.0mlSD/-Ura,-His液體培養(yǎng)基中,緩振打散菌落,然后轉(zhuǎn)入95.0mlSD/-Ura,-His液體培養(yǎng)基中,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)16-18hr,至OD600 1.0。SD/-Ura,-His液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.DifcoNitrogen0.67gB.葡萄糖2.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlD.20×Leu5.0mlE.20×Trp5.0mlF.ddH2O→100.0ml3.將上述新鮮培養(yǎng)菌液接種于300mlYPD,至OD600=0.2-0.3(約50ml),30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)至OD600=0.4-0.5(約3hr)。YPD液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.Polypepton6.0gB.bacto-YeastExtract3.0gC.葡萄糖6.0gD.ddH2O→300ml4.室溫離心5000xg×5min,棄上清;加入15-25mlddH2O重懸洗滌沉淀酵母細(xì)胞,離心棄上清,沉淀用1×TE/LiAc重懸后,即為酵母感受態(tài)細(xì)胞。5.準(zhǔn)備下列試劑1×轉(zhuǎn)化反應(yīng)10×TE10×LiAc50%PEGddH2Olml/800ml100mA.1×TE/LiAc1.0ml100l4.8ml/ml600mB.PEG/LiAc6.0ml600C.1×TE10.0ml1.0ml//9.0ml6.取1.0ml用1×TE/LiAc重懸的酵母感受態(tài)細(xì)胞,加入下列成份,振蕩混勻。lmg)40mA.pB42AD-Library(50-100B.10mg/mllmHerringDNA*(2.0mg)200*新配制時水浴煮沸20min后,插入冰浴,保存于-20℃。7.加入6.0mlPEG/LiAc,振蕩混勻,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)30min。lm8.加入700DMSO緩和倒置混勻。42℃熱休克15min,迅速插入冰浴。9.室溫離心2000xg×5min,盡量棄上清。10.以6.0ml100mm,每稀釋度各×2),30℃倒置培養(yǎng)3-5天,確定轉(zhuǎn)化效率在2×106cfu以上有效。fl稀釋不同倍數(shù),涂布SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)板(m1×TE重懸沉淀細(xì)胞,取10150mm×30),30℃倒置培養(yǎng)3-5天。fl涂布SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)板(m11.按每板200SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15min稍冷卻后鋪板A.DifcoNitrogen13.40gB.葡萄糖40.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)200.0mlD.20×Leu100.0mlE.Agar40.00gF.ddH2O150mm)f→2000.0ml鋪30塊平板(12.在超凈工作臺上,在所有生長菌落的平板上各加5mlTE(pH7.0)緩沖液,將菌落刮下。13.離心棄上清,加入10-20mlTE緩沖液重懸沉淀菌,加入等體積的無菌65%甘油-MgSO4緩沖液,混勻,分裝1.0ml/管,保存于4℃1周或-80℃1年以上。65%甘油-MgSO4緩沖液:65%甘油;100mMMgSO4;25mMTris-HCl(pH8.0)A.甘油65.00mlB.MgSO47H2O2.465gC.2.0MTris-HCl(pH8.0)1.25mlD.ddH2O→100.00ml酵母雙雜合系統(tǒng)陽性克隆的篩選1.經(jīng)過選擇培養(yǎng)基篩選的含有DNA-BD載體、文庫DNA及報告基因的酵母感受態(tài)細(xì)胞,用無菌TE稀釋至1:104、1:106和1:108等不同濃度。90mm),30℃倒置培養(yǎng)3-5天,計數(shù)平板上單克隆菌落數(shù)。fl,涂布SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)板(m2.取上述稀釋菌液各1003.確定待進(jìn)一步鑒定的酵母菌滴度(cfu/ml)=克隆數(shù)×105(1:104稀釋)、克隆數(shù)×107(1:106稀釋)或克隆數(shù)×109(1:108稀釋)。4.按照以前實驗確定的文庫轉(zhuǎn)化效率的5-10倍的總量、0.5-2×106cfu/平板的菌量,涂布SD/Gal/Raf/-Ura,-His,-Trp,-Leu固體誘導(dǎo)培養(yǎng)板,30℃倒置培養(yǎng)3-5天。5.挑取顯藍(lán)色的菌落,再接種于SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)基以及SD/Gal/Raf/-Ura,-His,-Trp,-Leu固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基,以進(jìn)一步確證。SD/Gal/Raf/-Ura,-His,-Trp,-Leu固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基A.SD/Gal/Raf3.79gB.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlC.Agar2.00gD.ddH2O→85.0ml滅菌(115℃,10lb/in2)15min,冷卻至50℃,加入下列成份后鋪板E.10×BU10.0mlF.20mg/mlX-gal0.4ml90-100mm)f鋪5-6塊平板(10×BU緩沖液,121℃,15lb/in2滅菌15minA.Na2HPO412H2O9.30gB.NaH2PO42H2O3.90gC.ddH2O→100.0ml20mg/mlX-GalA.X-Gal40mgB.DMF2ml酵母雙雜合系統(tǒng)陽性克隆的鑒定-酵母質(zhì)粒DNA的提取1.挑取經(jīng)過酵母選擇/誘導(dǎo)培養(yǎng)基初步鑒定的酵母單菌落,接種于5.0-10.0mlSD/-Trp液體培養(yǎng)基,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)20hr。SD/-Trp液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.DifcoNitrogen0.67gB.葡萄糖2.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlD.20×His5.0mlE.20×Leu5.0mlF.20×Ura5.0mlG.ddH2O→100.0ml2.室溫離心5000xg×1min,棄上清,收菌。l酵母裂解液,振蕩重懸沉淀酵母菌。m3.加入200酵母裂解液:2%TritonX-100;1%SDS;100mMNaCl;10mMTris-HCl(pH8.0);1mMEDTAA.10%TritonX-10020.0mlB.10%SDS10.0mlC.NaCl0.58gD.Tris0.12gE.EDTANa22H2O0.04gF.1.0MHCl調(diào)pH8.0G.ddH2O→100.0ml4.加入下列試劑,充分振蕩5min;液氮凍存10min,室溫復(fù)融;再充分振蕩5min。A.經(jīng)酸處理的玻璃珠(Sigma)0.20gB.苯酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)0.2ml5.室溫離心12000xg×10min,將上清轉(zhuǎn)移至新的1.5ml離心管中,加入下列試劑,于-70℃凍存30-60min。A.3MNaAc(1/10lmV)20lmB.無水乙醇(2.5V)5006.離心12500xg×10min,4℃,棄上清;70%乙醇洗滌沉淀,于37℃烘箱或超凈臺干燥DNA;將干燥的沉淀DNA重溶于l無菌ddH2O中,保存于-20℃。m20-30酵母雙雜合系統(tǒng)陽性克隆的鑒定-酵母質(zhì)粒DNA電轉(zhuǎn)化大腸桿菌1.在冰浴條件下,取待轉(zhuǎn)化DNAl感受態(tài)細(xì)胞中,混勻。mg),加入100ml(5pg-0.5m1.0WF,200m2.將上述混合液加入間距0.1cm的樣品杯中,電轉(zhuǎn)化(1.8kV,25。3.迅速加入1ml新鮮的LB培養(yǎng)液,混勻,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管中,37℃恒溫,150rpm振蕩孵育30-60min。4.將上述轉(zhuǎn)化反應(yīng)液涂布M9/DO(-Trp)固體培養(yǎng)板,37℃倒置培養(yǎng)至單菌落出現(xiàn)(16-22hr)。5.按常規(guī)方法擴增上述陽性轉(zhuǎn)化菌,堿裂解法少量抽提質(zhì)粒DNA,酶切篩選AD載體上含有插入片段的陽性克隆,保存其于25%甘油,待進(jìn)一步驗證。M9/DO-Trp固體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.葡萄糖1.2gB.Agar6.0gC.5×M9緩沖液60mlD.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)30mlE.20×His15mlF.20×Leu15mlG.20×Ura15mlH.ddH2O165ml冷卻至50℃左右,加入下列成份,混勻鋪板I.1.0MThiamine-HCl(Vit.B1)0.3mlJ.100mg/mlAmp0.3ml90-100mm)f鋪10-15塊平板(大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞的制備(電轉(zhuǎn)化)1.挑取LB固體培養(yǎng)基上生長的E.coliKC8單菌落,接種于5mlLB液體培養(yǎng)基中,37℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)過夜(約12-14hr)。2.將2.5ml新鮮菌液接種于500mlSOB培養(yǎng)液中,37℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)至OD600=0.5-0.6(約2.5-3hr)。SOB液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.bacto-Tryptone10.00gB.bacto-YeastExtract2.50gC.NaCl0.25gD.KCl0.09gE.MgCl26H2O1.02gF.ddH2O→500.0ml3.將培養(yǎng)菌液收集于離心管中,冰水浴15-20min。4.離心6000xg×10min,4℃,棄盡上清;以5ml預(yù)冷的無菌ddH2O重懸沉淀菌;再加入500ml預(yù)冷的無菌ddH2O洗滌細(xì)菌。5.重復(fù)上述步驟1次,以充分去除培養(yǎng)基中殘余的鹽離子成份。6.用40-50ml預(yù)冷的無菌10%甘油重懸沉淀細(xì)菌,轉(zhuǎn)移至50ml無菌離心管中;離心6000xg×10min,4℃,棄盡上清;重復(fù)此步驟1次。7.以等體積(約1.5-2.0ml)預(yù)冷的無菌10%甘油重懸上述沉淀的感受態(tài)細(xì)胞,分裝0.5ml/管(5-6次轉(zhuǎn)化反應(yīng)),保存于-80℃?zhèn)溆?。酵母雙雜合系統(tǒng)陽性克隆的確證1.以含有報告基因(p8op-lacZ)的酵母菌EGY48作為轉(zhuǎn)化宿主菌。2.將酵母宿主菌接種于5.0mlSD/-Ura液體培養(yǎng)基中,緩振打散菌落,然后轉(zhuǎn)入95.0mlSD/-Ura液體培養(yǎng)基中,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)16-18hr,至OD600 1.0。SD/-Ura液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.DifcoNitrogen0.67gB.葡萄糖2.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlD.20×His5.0mlE.20×Leu5.0mlF.20×Trp5.0mlG.ddH2O→100.0ml3.將上述新鮮培養(yǎng)菌液接種于300mlYPD,至OD600=0.2-0.3(約50ml),30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)至OD600=0.4-0.5(約3hr)。YPD液體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15minA.Polypepton6.0gB.bacto-YeastExtract3.0gC.葡萄糖6.0gD.ddH2O→300ml4.室溫離心5000xg×5min,棄上清;加入15-25mlddH2O重懸洗滌沉淀酵母細(xì)胞,離心棄上清,沉淀用1×TE/LiAc重懸后,即為酵母感受態(tài)細(xì)胞。5.準(zhǔn)備下列試劑20×轉(zhuǎn)化反應(yīng)10×TE10×LiAc50%PEGddH2Ol/1.2mlml150mA.1×TE/LiAc1.5ml150B.PEG/LiAc12.0ml1.2ml1.2ml9.6ml/C.1×TE10.0ml1.0ml//9.0ml6.分裝待轉(zhuǎn)化的質(zhì)粒DNA。A.pLexAlmg)3-5morpLexA-X(0.1lmg)3-5mB.pB42AD-Y(0.1C.10mg/mlSpermlmDNA*(0.1mg)10*新配制時水浴煮沸20min后,插入冰浴,保存于-20℃。l用1×TE/LiAc重懸的酵母感受態(tài)細(xì)胞,振蕩混勻。m7.每管加入100lm8.各加入600PEG/LiAc,振蕩混勻,30℃恒溫,250rpm振蕩培養(yǎng)30min。lm9.各加入70DMSO緩和倒置混勻。42℃熱休克15min,迅速插入冰浴。10.室溫離心13000xg×10sec,盡量棄上清;以0.3ml1×TE重懸沉淀細(xì)胞,涂布SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)板,30℃倒置培養(yǎng)3-5天。SD/-Ura,-His,-Trp固體培養(yǎng)基,115℃,10lb/in2滅菌15min稍冷卻后鋪板A.DifcoNitrogen3.35gB.葡萄糖10.00gC.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)50.0mlD.20×Leu25.0mlE.Agar10.00gF.ddH2O→500.0ml90-100mm)f鋪20-25塊平板(11.挑取上述固體培養(yǎng)基上生長的含有目的DNA(X)的pLexA-X(+)或空載pLexA(-)單菌落,分別接種SD/Gal/Raf/-Ura,-His,-Trp,-Leu固體誘導(dǎo)培養(yǎng)板,30℃倒置培養(yǎng)3-5天。SD/Gal/Raf/-Ura,-His,-Trp,-Leu固體誘導(dǎo)培養(yǎng)基A.SD/Gal/Raf3.79gB.10×DO(-His,-Leu,-Trp,-Ura)10.0mlC.Agar2.00gD.ddH2O→85.0ml滅菌(115℃,10lb/in2)15min,冷卻至50℃,加入下列成份后鋪板E.10×BU10.0mlF.20mg/mlX-gal0.4ml90-100mm)f鋪5-6塊平板(12.選擇含有pLexA-X顯藍(lán)色,而相應(yīng)的不含有插入DNA的空載pLexA顯白色的克隆,擴增其在E.coliKC8中的甘油菌,按常規(guī)抽提質(zhì)粒DNA,進(jìn)行序列分析。10×DO(-His,-Trp,-Leu,-Ura)為不含His,Trp,Leu,Ura等成份的10×Dropout溶液。每1000ml溶液中含有下列成份,用ddH2O配制后保存于4℃。(1)L-IsoleucineL-異亮氨酸300mg(2)L-ValineL-纈氨酸1500mg(3)Adenine腺嘌呤200mg(4)L-ArginineHClL-精氨酸200mg(5)L-LysineHClL-賴氨酸鹽酸鹽300mgL-MethionineL-甲硫氨酸200mg(7)L-PhenylalanineL-苯丙氨酸500mgL-ThreonineL-蘇氨酸2000mg(9)L-TyrosineL-酪氨酸300mg20×氨基酸儲存液每100ml溶液中分別含有下列成份,配制后保存于4℃。20×HisL-HistidineL-組氨酸40mg20×TrpL-TryptophanL-色氨酸40mg20×LeuL-LeucineL-白氨酸200mg20×UraUracil尿嘧啶40mg酵母轉(zhuǎn)化緩沖液:緩沖液體積緩沖液配制10×TE100mlTris1.21g;EDTANa22H2O0.37g;ddH2O80ml;鹽酸調(diào)pH7.5;ddH2O定容10×LiAc100mlLiAc2H2O10.20g;ddH2O50ml,冰醋酸調(diào)pH7.5;ddH2O定容50%PEG100mlPEG335050.0g;ddH2O定容其它緩沖液:緩沖液體積緩沖液配制TE1000mlTris1.21g;EDTANa22H2O0.37g;ddH2O800ml;鹽酸調(diào)pH;ddH2O定容STE1000mlNaCl5.84g;Tris1.21g;EDTANa22H2O0.37g;ddH2O800ml;鹽酸調(diào)pH8.0;ddH2O定容

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